ProteinGo是一款用于蛋白质组数据分析的集成分析系统，它能自动化的完成来自IPI、RefSeq、UniProt、NCBI GenBank以及其他有序列信息的蛋白质组鉴定结果的一系列分析，分析内容包括基本理化性质分析、GO功能分类和富集分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建分析。除蛋白质数据之外，系统还支持来自于芯片分析结果，测序结果等后续分析。

采用该系统分析的数据组数已经超过５０组。

系统优点：

• 自动化的批处理分析，根据数据的不同，自动化的完成一系列的分析；
• 丰富的图表输出，基本满足发表文献的要求；
• 排队式的任务流程，不会导致服务器计算资源拥堵，或者服务器崩溃等问题，而且对服务器配置的要求也不高；
• 友好的提交方式，采用网页访问的形式进行提交数据和返回分析结果；
• 灵活的可扩展功能，因该软件为自主开发，可以根据客户的要求增加或扩展软件功能；
• 无数据量限制，不会如一些免费分析的网站一样，提交数据超过2000就无法分析。

应用范围

• 蛋白质组鉴定结果分析（非定量分析）；
• 表达谱芯片结果的后续分析；
• 转录组测序结果的后续分析；
• 外显子组测序结果的后序分析；
• 基因注释的部分分析。

功能模块

• 单组数据流程（IPI） 用于IPI搜库结果的分析
• 单组数据流程（RefSeq） 用于RefSeq搜库结果的分析
• 单组数据流程（UNIPROT） 用于UNIPROT搜库结果的分析
• 单组数据流程（fasta） 用于序列的分析
• Human Official Symbol数据流程 用于Human official symbol的数据分析流程
• Gene Ontology分析
• KEGG Pathway分析
• 表格处理

上海生咨生物科技有限公司 是由新加坡海归科研人员和资深生物医药信息学技术人员共同创办的以生物医药信息学服务和实验外包为主的高科技企业。公司致力于生物医药信息技术与软件的研发和服务，并结合合作伙伴的资源提供从技术咨询、实验设计、实验实施、数据分析一体的解决方案。公司的业务涉及基因组、转录组、蛋白质组和药物设计的研究解决方案。