DNA甲基化芯片技术服务

DNA甲基化在基因表达调控中扮演着重要的角色（人类的甲基化只发生在CpG位点，大多数CpG 岛位于启动子和第一外显子区域，启动子区域的甲基化抑制基因的表达），在正常的细胞发育和维持组织稳定性方面有着重要的作用机制。人类的许多疾病（包括癌症）都是由于异常的甲基化引起的。应用芯片这个高通量手段检测基因组的甲基化，会大大加速甲基化研究发展，提升研究效率，并很有可能发展成人类疾病诊断、预防和治疗的有效工具。

产品特点:

1、流程简单，无需进行烦琐的免疫共沉淀

2、直接检测到发生甲基化的准确位点，而非发生甲基化的区段

3、可根据需求，灵活定制符合自己需求的个性化芯片

4、通量高，可一次性检测12或96个以上样品

(一)HumanMethylationHD450----人类全基因组甲基化芯片

检测系统：iScan, HiScanSQ

检测技术：BeadArray

检测方法：Infinium Methylation Assay

应用：基因表达调控及表观遗传性研究

检测物种：人

规格：每个slide检测12个样品。

该芯片包含精心挑选的覆盖广泛的450000个CpG位点，利用illumna革命性的Infinium检测技术该芯片不依赖于Me-DIP（甲基化DNA免疫共沉淀），并且覆盖了所有的NCBI注释的基因，包括启动子，3’区和5’区，从而避免了无法覆盖不含CpG岛，而CpG含量较高的区域的缺陷。该芯片所检测的区域主要包括：CpG岛和CpG shores，CpG岛外的CpG位点，人干细胞中已经鉴定的非CpG的甲基化位点，已经鉴定的在不同类型的肿瘤中相对于其正常组织有差异的甲基化位点，编码区外的CpG岛，miRNA启动子区，通过WGAS研究已知的与疾病相关的区域等。

该芯片包含了90%的HumanMethylation27中的CpG位点，一张芯片可检测12个样本，每个样本只需要500ng的基因组DNA就可完成亚硫酸氢盐的修饰。这种独特的组合将为全基因组甲基化的研究者提供前所未有的基因组覆盖面以及灵活的实验设计。

 

(二)HumanMethylation27----人类全基因组甲基化芯片

基于Illumina公司的Infinium技术方案,HumanMethylation27可检测到>27，578个CpG位点. CpG信息涵盖了14，475个RefSeq基因，其中已在NCBI的CCDS数据库（Genome Build 36）中明确功能注释过的基因12833个。144个已经确认的癌症基因的甲基化位点. 982个文献报道过的癌相关基因的位点有200个CpG位点存在于CpG岛上,110个探针分布于miRNA启动子区域,12,700多个基因也同时设计在HumanRef-6 基因表达谱芯片上，以利于甲基化状态和基因表达谱水平的整合分析.
 
(三)Methylation Cancer Panel I肿瘤甲基化芯片

基于Illumina公司GoldenGate技术方案的甲基化芯片，包含了807 个肿瘤相关基因的1,505 CpG 岛。71.4％的基因拥有2个或2个以上的CpG位点。所有这些基因都被设计在Illumina Human-6 表达谱芯片中。分析软件BeadStudio可以让研究者将表达谱数据和甲基化数据整合起来分析。内容包括：

抑癌基因tumor suppressor genes

原癌基因oncogenes

DNA修复基因genes involved in DNA repair

细胞周期调控基因cell cycle control

细胞分化基因differentiation

细胞凋亡基因apoptosis

X 染色体沉默X-linked

印迹imprinted genes

 

(四)Custom Methylation Panels客户定制甲基化芯片

基于Illumina公司GoldenGate技术方案的甲基化芯片，客户只需向我们提供以下信息中的任何一种，我们将与Illumina公司的设计人员一起帮助您选择CpG位点，利用设计工具Assay Design Tool(ADT) 会帮助客户设计成功的探针库，制成甲基化研究芯片（每panel可平行检测96个样本，每个样品可同时检测384-1536个甲基化位点，位点数及样品数均应为96的倍数）。
NCBI's GeneID
Gene symbol (HUGO & RefSeq)
RefSeq mRNA accession number with or without version number
RefSeq mRNA GI number
Chromosomal region (RefSeq build, chromosome, pair of coordinates)
Sequence 

需要的DNA量为1ug（在实验前，要对DNA进行质检，另外考虑到实验室间浓度定量的差异，在客户送样时，要求总量大于2ug，浓度大于50ng/ul，260/280>1.6，260/230>1.6。

实验原理

1、用亚硫酸盐bisulfite处理基因组
2、将胞嘧啶C转换成尿嘧啶U
3、甲基化的C (Methylcytosine)不反应,保持不变
4、针对转化后的序列设计芯片探针（处理后上下链不再互补）
5、处理后的DNA与芯片杂交扫描后，甲基化状态可通过计算荧光信号比例来确定

 

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