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ApoE基因有三个等位基因E2、E3和E4，共构成六种不同的基因型；
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Apoe基因敲除小鼠原理是利用基因打靶技术产生转基因动物的程序，基因敲出小鼠程序一般为：(1)构建基因打靶载体; (2)将基因打靶载体通过一定的方式(常用电穿孔法)导入同源的胚胎干细胞中，使外源DNA与胚胎干细胞基因组中相应部分发生同源重组,将打靶载体中的DNA序列整合到内源基因组中从而得以表达; (3)筛选发生同源重组的阳性克隆，基因敲除小鼠构建通过显微注射或者胚胎凝集的方法将经过遗传修饰的ES细胞引入受体胚胎内制作嵌合体小鼠，在生物活体中研究特定基因的功能。基因敲除小鼠使得研究者们能够观察到某一特定基因完全失活后小鼠表型的改变，从而推断出特定基因的作用。基因敲出小鼠基因打靶的原则是, 外源DNA 片段含有与目的基因的某一段核酸序列相同或接近的同源序列, 同源重组就发生在这两个序列之间。外源DNA 序列的定位整合有两种方式, 即插入型(又称O 型) 和置换型(又称8 型)。与此相对应, 基因敲出小鼠打靶载体可分为两类: 插入型载体和置换型载体;
基因敲除小鼠第一步，胚泡时期发育胚胎的分离。此胚胎来源于灰色品系的小鼠。
基因敲除小鼠第二步，从灰色小鼠胚泡中分离胚胎干细胞，在体外进行培养。
基因敲除小鼠第三步，用同源重组载体转染胚胎干细胞，用含有新霉素和更昔韦洛的培养基筛选发生了同源重组的细胞。
基因敲除小鼠第四步，将筛选得到的胚胎干细胞植入白色小鼠的早期胚胎（胚泡时期）中。
基因敲除小鼠第五步，将上述胚胎植入假孕母鼠（白色）子宫中。
基因敲除小鼠第六步，在母鼠所产的小鼠中，有一些是正常的白色，另一些则是嵌合体灰白相间的小鼠。这些嵌合体小鼠的细胞一部分起源于白色皮毛的胚泡细胞，另一部分则起源于重组的胚胎干细胞。起源于重组胚胎干细胞的皮毛显示出灰色斑块，很好辨认。
基因敲出小鼠第七步，嵌合体小鼠与野生型白色小鼠进行杂交，如果嵌合体小鼠的生殖细胞恰好是起源于重组胚胎干细胞，那么其子代小鼠就都应该呈现灰色。而这些灰色小鼠的所有细胞都是杂合体。
基因敲除小鼠第八步，杂合体灰色小鼠（+/H）之间进行杂交，得到灰色和白色的子代。从灰色子代中筛选出纯合小鼠（H/H），其一对同源染色体上的等位基因都失活，此纯合小鼠即为 “基因敲除小鼠”。
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