基因/蛋白互作网络NLP分析

一、项目目标：

    利用NLP(Natural Language Processing)方法从PubMed文献摘要数据库中分析A基因调控网络，并对互作的基因进行GO、pathway分析。

用途：

    基因-基因互作网络、基因-蛋白互作网络、基因-microRNA互作网络、蛋白-蛋白互作网络、microRNA-microRNA互作网络。

二、项目方案

2.1.基本流程

1） 利用关键词进行文档搜索，并将文档整理成XML格式。

2） 将摘要文本分离成单个句子。后续的分析是以句子为基本单位的。

3） 利用B软件进行人类基因的描述的定位，提取基因。

4） 基因符号以NCBI的entrez gene数据库为准。基因互作关系由B软件绘制为网络结构。

5） 建立一个基因互作的verb词典，分离句子中基因互作的verb。

6） 生成A基因同义词字典，分离句子中A基因的描述。

7） 统计分析基因名、互作verb和A基因同时出现(co-occurrence)的句子，整理列表。基因互作关系由某软件绘制为网络结构。

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