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连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。
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人类连锁分析芯片（HumanLinkage-12）
包括了人全基因组内染色体区域内的>6000个SNP标记，均是从HapMap项目数据库中挑选出来的信息结果最好的标记，两个SNP平均遗传间距0.64cM，物理间距482Kb，比STR具有更高的密度。连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。HumanLinkage-12每张芯片可平行做12个样品，每个样品可检测6,090个SNP位点。
小鼠低密度和中密度连锁分析芯片
Mouse Mow Density (LD) Linkage Panel & Mouse Medium Density (MD) Linkage Panel
小鼠是理想的进行疾病遗传学研究的模式动物，小鼠低密度和中密度连锁分析芯片提供了两套不同密度的芯片进行疾病的连锁分析。
小鼠低密度连锁分析芯片（Mouse Low Density (MD) Linkage Panel）
包括了377个位点，适用于N2和F2代遗传杂交的小鼠。可用于进行QTL(quantitative trait loci)图谱定位。
小鼠中密度连锁分析芯片（Mouse Medium Density (MD) Linkage Panel）
包括了1，449个位点，适用于绘制转基因动物，同类品系，基因敲除的动物和互交品系的遗传图谱。
有两种芯片格式可选：Sentrix Universal BeadChip，每Chip可同时检测16个样本；或Sentrix Universal Array Matrix，每Matrix可同时检测96个样本。
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