全自动DNA脉冲场回收助孕妇 cfDNA 全基因组甲基化研究
文献速递：Pippin HT系列全自动大片段DNA脉冲场电泳回收仪联用Illumina测序平台，用于对孕妇cfDNA进行全基因组甲基化研究
Genome-wide methylation profiling of maternal cell-free DNA using methylated DNA sequencing (MeD-seq) indicates a placental and immune-cell signature【European Journal Of Clinical Investigation】
使用DNA甲基化测序（MeD-seq）对母体cfDNA进行全基因组甲基化分析，显示出胎盘和免疫细胞特征
期刊：European Journal Of Clinical Investigation（IF：4.4）
发表年份：2024 年 11 月
物种：人
文库类型：cfDNA文库
文库富集和精准回收：Sage Science公司Pippin HT系列全自动大片段DNA脉冲场电泳回收仪
基因组测序：Illumina NextSeq2000二代测序仪
研究背景：胎盘功能对胎儿发育至关重要，但直接研究胎盘组织存在局限。胎盘来源的 cfDNA 为研究胎盘（表观）遗传编程提供机会，DNA 甲基化在胎盘发育中意义重大，不过研究 cfDNA 甲基化组面临诸多挑战，如胎盘来源 cfDNA 占比低、检测技术成本高或覆盖度有限。MeD-seq 技术适用于低浓度 cfDNA 且基因组覆盖度高，本研究旨在探讨其分析孕早期母体 cfDNA 甲基化组的可行性。
研究方法：
研究方法：
- 样本收集：从非孕妇（6 名女性、12 名男性）、孕妇（10 名）、孕早期胎盘组织（10 例）以及配对的孕前和孕早期血沉棕黄层（共 20 例）采集样本。
- 样本处理与 DNA 提取：血浆经离心获取 cfDNA，血沉棕黄层经离心分离后提取 DNA，胎盘组织经处理后提取 DNA。
- MeD-seq 检测与数据分析：对 DNA 进行 MeD-seq 检测，经酶切、文库构建和测序后，通过生物信息学流程分析数据，鉴定差异甲基化区域（DMRs），并研究其与胎盘和血沉棕黄层 DNA 甲基化的重叠情况，根据 Y 染色体甲基化确定胎儿性别。
研究结果：
- DMRs 鉴定：在孕妇和非孕妇 cfDNA 间鉴定出 436 个 DMRs，其中 338 个（77.5%）在孕妇中高甲基化，且男性 cfDNA 验证了结果的可靠性。
- 胎盘来源甲基化特征：多数孕妇 cfDNA 中高甲基化的 DMRs 在胎盘组织中也存在，RASSF1 启动子在孕妇 cfDNA 和胎盘组织中甲基化水平较高，但经校正后部分差异无统计学意义。
- 胎儿性别鉴定：基于 Y 染色体甲基化区域可确定胎儿性别，怀男孩的孕妇 Y 染色体区域呈高甲基化。
- DMRs 来源分析：多数孕妇 cfDNA 中的 DMRs 在血沉棕黄层中也存在，表明孕期免疫反应增强；同时鉴定出 16 个可能的胎盘特异性 DMRs，如 TMEM240、DHRS3 等区域。
讨论：MeD-seq 可用于研究孕期母体 cfDNA 甲基化组，鉴定出胎盘特异性甲基化标记和胎儿性别，但仍存在一定局限性。研究结果提示 cfDNA 甲基化特征受胎盘和免疫细胞共同影响，未来可结合更多 cfDNA 特征提高组织溯源准确性，还需建立特定胎盘细胞类型的甲基化参考图谱。
研究结论：本研究证实了 MeD-seq 技术分析母体 cfDNA 甲基化组的可行性，表明孕期 cfDNA 甲基化特征有胎盘和免疫细胞来源，为后续产前基因检测和产科并发症研究提供方向，但还需进一步研究其在临床实践中的应用价值。
研究结论：本研究证实了 MeD-seq 技术分析母体 cfDNA 甲基化组的可行性，表明孕期 cfDNA 甲基化特征有胎盘和免疫细胞来源，为后续产前基因检测和产科并发症研究提供方向，但还需进一步研究其在临床实践中的应用价值。
文中使用Pippin HT系列全自动大片段DNA脉冲场电泳回收仪回收“32bp+测序接头”的cfDNA甲基化测序文库，有效去除二聚体和非目标片段，再使用Illumina NextSeq2000二代测序仪上机测序。
原文
van Vliet, Marjolein M., et al. "Genome‐wide methylation profiling of maternal cell‐free DNA using methylated DNA sequencing (MeD‐seq) indicates a placental and immune‐cell signature." European Journal of Clinical Investigation (2024): e14363.
美国Sage Science是全球领先的全自动DNA脉冲场电泳回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。
原文
van Vliet, Marjolein M., et al. "Genome‐wide methylation profiling of maternal cell‐free DNA using methylated DNA sequencing (MeD‐seq) indicates a placental and immune‐cell signature." European Journal of Clinical Investigation (2024): e14363.
美国Sage Science是全球领先的全自动DNA脉冲场电泳回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。
在cfDNA、产前诊断NIPT领域，国内外众多客户（如“NIPT之父”、香港中文大学卢煜明教授研究团队）均已配备Pippin系列全自动DNA脉冲场电泳回收仪，以提升低浓度、短片段和长片段cfDNA文库的精准回收能力。
环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收仪的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。
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环亚生物科技有限公司
地址：上海市松江区莘砖公路518号9幢502室
电话：021-54583565
邮箱：info@apgbio.com
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