三大空间生物学主流研究平台的技术路线和应用总结
近年来，新型测序技术不断更新发展。空间转录组测序技术已成为了继单细胞测序技术之后的另一个生物技术研究热点。在2020年和2022年被Nature Methods 期刊评为值得关注的7大年度技术之一。2023年6月26日，世界经济论坛发布了《2023年十大新兴技术报告》，空间组学技术被评选为未来最有潜力对世界产生极大影响的十大新兴技术之一。
显然，空间多组学时代已悄然到来，俨然成为生命科学领域的下一个风口。
当前，空间生物学有三大主流技术路线：
✅ NGS barcoding
代表：10x Genomics Visum
✅ ROI selection (Region of Interest，ROI)
代表：NanoString GeoMx® DSP
✅smFISH (Single molecular FISH)
代表：NanoString CosMx™ SMI
对于以上三大空间生物学主流研究平台，哪个更适合你？
10x Genomics Visum
10x Genomics Visium于2019年商业化，沿用了其单细胞转录组测序中的barcode标记策略，将barcode标签以及探针整合到空间捕获芯片上，利用不同位置的barcode信息差别实现空间定位。兼容新鲜样本和-80℃冻存样本。
2023年，10x Genomics Visum迎来了升级，10x Genomics Visum CytAssist问世。对于FFPE样本的检测能力，是此次升级的一大亮点。通过对人和小鼠的基因进行针对性的双臂探针设计，不再要求样本的RNA具有完整的polyA尾，使得FFPE样本的空间转录组测序成为可能，在医学领域极大的扩充了样本的选择范围。
2024年初，10x Genomics Visum HD正式发布。能够将全转录组空间基因表达的能力与单细胞分辨率相结合，发现组织中微米级的独特生物学见解。通过易于运行、基于CytAssist的工作流程，获得一流的数据质量。
应用案例：
1、全球首篇！10x Genomics FFPE空间转录组文章发表
NanoString GeoMx® DSP
GeoMx® DSP是NanoString于2019年推出的空间组学平台。其与10x Visium最大的区别是其可以使用ROI圈选指定区域，并可检测区域内的RNA和蛋白。DSP针对RNA有全转录组研究产品（WTA）和专门针对肿瘤的产品（CTA）；其针对蛋白有很多的panel可以组合，包含肿瘤免疫方向和神经方向，这对于关注蛋白的研究者又是不二之选。DSP不仅是肿瘤研究的利器，更可以通过灵活的ROI圈选想要研究的肿瘤微环境的某区域，实现肿瘤免疫微环境的探索。
应用案例：
1、Nature【IF 69.504】DSP助力神经胶质瘤进展研究
2、3篇高分文献教你如何利用DSP空间多组学技术开展肿瘤研究
3、DSP空间转录组+空间蛋白组：揭示非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤内异质性并发掘空间分子标志物
4、DSP助力揭示急性胃肠道移植物抗宿主病激素反应相关空间组织生态位
NanoString CosMx™ SMI
在GeoMx® DSP之后，NanoString又发布了单细胞空间原位分子成像平台CosMx™ SMI。该平台结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力，能够对组织切片中1000种RNA和64种蛋白质分子（2024年上半年可提升至6000个基因和120种蛋白）进行单细胞和亚细胞分辨率的原位成像，支持研究人员实现精准透彻的生物学解析。
超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型，绘制单细胞空间图谱，详细展示细胞邻域和组织微环境，同时还支持细胞配受体检测，在真实的组织空间背景下推进您对细胞间相互作用、细胞通讯和细胞状态的深刻洞察。
应用案例：
