LCM空间实验流程详解及送样建议总结

>> 深度空间蛋白质组服务流程

01 签单前沟通

02 LCM样品类型确认

03 形态学质检HE

04 正式实验
 

一、签单前沟通

01 样本类型

FFPE石蜡块（建议1年内，3年也有成功经验）、OCT包埋块、FFPE膜切片、OCT膜切片（切片前沟通，需要特殊膜贴片）、客户自行通过LCM技术获得的切割组织（提供载体信息），在FFPE和OCT之间更推荐FFPE。

注意：

⏩ 由于LCM操作时所用切片需要提前黏附在特殊的膜上，所以不接受普通载玻片上的OCT/FFPE切片，如果客户自行制备膜切片，公司可以提供这种膜以及操作protocol。

⏩ 如果客户自行通过LCM技术获得的切割组织，请提前沟通确认有关仪器、系统、膜材料等信息。这种组织会直接进行蛋白质提取、酶解、肽段质检检测和分析。

⏩ 膜切片和包埋块目标截面的大小不得超过14 mm*45 mm。如下图所示：

02 样本背景信息

物种、器官、疾病、组织保存年限等。

03 预计LCM面积

根据LCM面积大小，建议3-5张连续切片，相同LCM区域合并。

04 样品数量

样品数、正式切片数。

05 ROl数量

客户可根据形态学质检HE染色图进行第一次ROI圈选，确定反馈总ROI数量及每张切片的ROI数量。
 

二、形态学质检

分以下两种情况：

1、FFPE石蜡块和OCT包埋块，实验室进行切片、HE染色并给出质检报告，客户可通过HE看图软件确认该切片是否有ROI所在区域，并进行区域预圈选。客户同意并且实验室评估客户圈选区域具有技术可行性后方可进行正式实验；

2、FFPE/OCT膜切片，实验室选择一张客户送来的组织切片（玻片即可）进行HE染色并给出质检报告，随后与上述步骤相同。

注意：

⏩ 客户的预圈选非常关键，实验室会根据预圈选结果判断正式实验连续切片的数量（ROI内细胞过少时会将连续切片上相同的ROI合并为一个ROI）。

⏩ 由于显微切割有较低的失败率，所以建议客户在预圈选时多圈选几个ROI以作备用。
 

图片解释：

No1：正式实验时，单张切片的1号圈选区域取样进行蛋白检测；

No2：正式实验中，若1号圈选区域无法进行下游实验，则取2号圈选区域（备份样本）进行正式实验；

No3+No4：正式实验中，3号和4号圈选区域共同取样合并后进行蛋白检测；

No5：正式实验过程中，取三张连续膜片的5号圈选区域的组织合并后进行蛋白检测。
 

三、正式实验

01 实验室进行连续切片，其中一片进行HE染色，剩余切片制成膜切片

02 染色结果发送客户

03 实验室在正式膜切片上根据客户要求圈出ROI，并进行LCM切割捕获

04 收集到的切割组织进行蛋白质提取、酶解、质谱检测和分析