4D蛋白组学原始数据上传可能遇到的问题及解决方案

ProteomeXchange（简称PX），是目前广泛应用的蛋白质组学质谱数据存储平台，其旗下包括了PRIDE、MassIVE、PeptideAtlas、JPOST等质谱数据存储平台，按照视频中的步骤您可以将蛋白原始数据上传到PX上。（点击阅读文字版-4D蛋白质谱原始数据上传指南）

网址：http://www.proteomexchange.org

在上传数据过程中会遇到一些问题，在此陈列出来，希望对您有所帮助：
 

Q1：上传质谱下机原始数据（RAW文件）时，需要把RAW文件压缩为zip格式吗？还是可以直接把RAW文件添加上去？

A：此处建议老师们先把每一个样本的原始数据压缩，之后把所有样本压缩包再次压缩到一个文件夹里面进行上传。

Q2：我们安装完上传工具，直接双击打开显示如下问题，该如何解决？

A：点击确定之后虽可以正常打开软件并且登录，但是避免在后续上传数据时出现问题或报错，建议老师们使用如下方法打开软件：在电脑搜索框中（ ）搜索cmd，点击以管理员身份运行，打开命令提示符输入cd→空格→软件所在路径→回车→java -jar px-submission-tool-2.6.0.jar→回车 即可打开软件。

Q3：在Step 3添加文件之后出现了问题是什么原因？

A：添加的文件名称必须是全英文的，有中文字系统无法识别。

Q4：在Step 5关联文件时点击Relation后，文件会自动出现在下面栏里，可以不用点击Add添加了么？

A：不可以，点击Relation后勾选文件，之后必须点击Add添加。

Q5：在最后点击Submit后出现如下框，点击确定之后软件直接关闭了如何解决？

A：显示是用Aspera上传有问题，此时我们要换成使用FTP上传，按照提示在我们安装的上传工具px-submission-tool文件夹中找到config或者config.properties文件夹，文件夹中文件用记事本打开，将其中的px.upload.protocol改成ftp即可。

Q6：在数据上传中显示Failed file transfer（如下图）是什么情况，如何处理？

A：显示Failed file transfer是数据上传断掉了，只能重新传，点击Back返回到上一步，如果点击Cancel是整个取消了，软件会直接关掉，因此点击Back就可以，之后再次点击Submit后再次上传数据。注：数据上传过程中一定要避免网络波动，网络波动数据上传就会断掉，建议选择晚上上传或者去网咖上传。
 

上传原始数据过程漫长，只要老师们耐心一步一步的按照要求上传，最后一定可以上传成功的！祝老师们上传顺利！