10x FFPE样本单细胞解决方案在癌症研究中的应用
胰腺上皮内瘤变(PanIN) 是一种从福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)标本诊断出的胰腺导管腺癌(PDAC)前恶性肿瘤，限制了基于单细胞的研究。2022年7月16日，一篇发表在bioRxiv上题为“Spatial transcriptomics of FFPE pancreatic intraepithelial neoplasias reveals cellular and molecular alterations of progression to pancreatic ductal carcinoma”的预印本文章，通过将单细胞转录组数据与10x Visium FFPE空间转录组数据进行结合，开发了一种新的FFPE样本空间转录组分析方案，并辅以两种新的转移学习方法。第一种是将细胞类型分配到ST点并整合转录特征，表明PanINs被 PDAC癌相关成纤维细胞(CAFs)亚型包围，包括罕见的抗原呈递CAFs。第二种是将 ST PanIN数据与PDAC scRNA-seq数据整合，确定了随着PanINs向PDAC的进展，炎症和增殖信号之间的转移。本研究首次确定了PanINs中类似的 CAF群体和相关的分子变化，它们可能是癌前转化为PDAC的早期介质。这种集成的实验和计算方法提供了通过集成成像、ST和scRNA-seq数据集来开发PDAC发展和进展模型的方法。
上面这篇预印本文章中的研究人员提到，由于scRNA-seq方法对细胞活性有要求，该技术目前不兼容FFPE样本，使他们无法直接进行PanINs分析。在此小编向大家透露一条好消息，FFPE样本也可以做单细胞啦！10x Genomics近期推出了一种针对FFPE样本做单细胞转录组测序的解决方案，下面带大家看一下10x测试的初步数据。
将一块浸润性导管癌组织进行切割后用手工解离和酶消化相结合的方法将其分离，然后使用10x今年推出的单细胞固定RNA分析试剂盒进行样本固定后进行单细胞转录组测序，通过对数据进行处理，得到了多种细胞类型，从图中我们看出，从该FFPE样本中可以检测到很多免疫细胞。
乳腺癌是一个高度异质性的疾病，为了指导预后，常常采用TNM分期、临床病理指标，后来由于高通量数据的产生，多基因预测成为了一个新途径。传统方法通常是基于bulk水平根据signature对癌症进行分类，现在将signature应用于该数据集中的每个细胞群，将每个群与 PAM50 基因特征相关联，结果显示实际上只有一个细胞群17与癌症亚型显示出强相关性，而其他细胞群与正常特征相关。之前有文献对新鲜样品进行过此类分析，但在FFPE样本的数据上发现这一点，可以使研究人员将其应用于大量生物库FFPE 样本，解锁更多存档样本。
FFPE方法是外科病理标本收集和保存的标准方法，这些样本被病理学家用于确定FFPE切片上疾病的可视化特征，通常这些样本可以与有价值的元数据联系起来，如患者信息记录、使用的药物，甚至临床结果。在这些纵向样本上以单细胞分辨率观察转录组基因表达的能力将为研究疾病进程增加一个全新的信息轴，相信10x推出的这种适用于FFPE样本的单细胞解决方案可以解锁更多临床存档样本，带来更多全新的研究发现！想要了解更多详细信息，欢迎联系我们！电话：010-84409661，邮箱：marketing@emtd.com.cn。
