引物常见纯化方法的原理及效果
常见的几种纯化方法如C18柱、OPC或HAP、PAGE、HPLC。公司采用HAP、ULTRA PAGE、HPLC三种纯化方法，其纯化的原理及其效果分别如下，我们建议客户应根据不同的实验需求，选择合适、经济并有效的纯化方法。
1. HAP纯化方法
HAP（HighAffinityPurification）是生工生物自主开发的新型oligoDNA纯化方法。该方法已取得国家专利（专利号：200310208040.X）。其原理是利用合成引物5'-端DMT基团对HAP树脂专一性吸附，而不含DMT的短链DNA不被吸附，从而达到分离纯化的目的。
HAP纯化柱中装有对 DMT 具有亲和力的树脂，合成DNA 片段时保留 5'端最后一个碱基上的 DMT，所有合成产物吸附在柱上以后，用稀的有机溶剂洗柱，带有 DMT 的片段吸附能力强，不易被洗脱，不带有 DMT 的片段吸附能力弱，被洗脱。然后用三氟乙酸 TFA 或三氯乙酸 TCA 脱去 DMT 基团，再用浓一点的有机溶剂洗脱 DNA。这种方法具有多快好省的特点。制品纯度可达到80~90%，可以满足杂交探针、测序、常规PCR（不再做进一步克隆实验）等用途了。但是因为其专一性吸附 DMT 能力有限，不免仍然有短片段带入的可能，而且负载量小。特别是对长于39 碱基以上的片段纯化效果不好。此级别只提供长度在10-39mer以下的合成oligo DNA制品。序列更长时，制品的纯度得不到保证。若考虑节约经费，对于要求较低的实验，如简单的PCR反应，则采用HAP纯化即可。
2. ULTRA PAGE纯化方法
PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis)，该方法是使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，对DNA片段进行分离，然后从凝胶中回收目的DNA的方法。PAGE纯化基于尺寸和构象分离全长产物和失败序列，可以分离相差一个碱基的引物(120碱基以内)，从而提供高纯度的引物。纯化后的DNA纯度大于90%，相比与其他两种方法，PAGE纯化对长链Oligo DNA (大于50 mer)的纯化特别有效，制品纯度保证90 ~ 95%。如订购的DNA欲用作RT-PCR引物、各种探针，或用于PCR克隆测序、定点突变等，请选用PAGE纯化制品。
ULTRA PAGE：理论上分析型PAGE变性电泳，可以区分引物之间一个碱基的差别。经过PAGE纯化的引物，特别是长引物要的量都比较高，上样量都是非常大，电泳时的条带往往比较宽，带与带之间有重叠，分辨率有所下降，电泳后割带回收目的引物时，导致割的条带有时可能比较宽，很难避免割到差别仅一个或几个碱基的引物。因此生工生物为了给客户更好解决以上问题，将原有的PAGE纯化方式升级优化为现在的ULTRA PAGE纯化方式，即在PAGE纯化的同时配合质谱对DNA进行定性分析，以保证回收片段的正确性。
3. HPLC纯化方法
HPLC (High Performance Liquid Chromatography)是使用高效液相色谱的原理，依据DNA的疏水性来分离产物的。合成粗产物中不同长度的 DNA 片段的疏水性不同，一般来说较长的片段具有较强的疏水性，AT含量高的片段也具有较强的疏水性。先将粗产物检测主峰位置，再增加加样量，回收主峰位置的部分。该方法用于分离纯化时能达到很高的纯度和灵敏度，可以有效的去除大部分N-短片段，因而可以除去失败序列或未结合的标记物，从而对DNA片段进行纯化。同时配合质谱对DNA进行定性分析，以保证回收片段的正确性。由于HPLC产品的纯度非常高，使用本法纯化的DNA制品可适用于各种基因工程实验。主要用于PCR克隆、定点突变、人工合成基因、长链和修饰引物的纯化等。它的优点是自动化程度高、省人力；弱点是纯化量通量小、成本较高。
1. HAP纯化方法
HAP（HighAffinityPurification）是生工生物自主开发的新型oligoDNA纯化方法。该方法已取得国家专利（专利号：200310208040.X）。其原理是利用合成引物5'-端DMT基团对HAP树脂专一性吸附，而不含DMT的短链DNA不被吸附，从而达到分离纯化的目的。
HAP纯化柱中装有对 DMT 具有亲和力的树脂，合成DNA 片段时保留 5'端最后一个碱基上的 DMT，所有合成产物吸附在柱上以后，用稀的有机溶剂洗柱，带有 DMT 的片段吸附能力强，不易被洗脱，不带有 DMT 的片段吸附能力弱，被洗脱。然后用三氟乙酸 TFA 或三氯乙酸 TCA 脱去 DMT 基团，再用浓一点的有机溶剂洗脱 DNA。这种方法具有多快好省的特点。制品纯度可达到80~90%，可以满足杂交探针、测序、常规PCR（不再做进一步克隆实验）等用途了。但是因为其专一性吸附 DMT 能力有限，不免仍然有短片段带入的可能，而且负载量小。特别是对长于39 碱基以上的片段纯化效果不好。此级别只提供长度在10-39mer以下的合成oligo DNA制品。序列更长时，制品的纯度得不到保证。若考虑节约经费，对于要求较低的实验，如简单的PCR反应，则采用HAP纯化即可。
2. ULTRA PAGE纯化方法
PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis)，该方法是使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，对DNA片段进行分离，然后从凝胶中回收目的DNA的方法。PAGE纯化基于尺寸和构象分离全长产物和失败序列，可以分离相差一个碱基的引物(120碱基以内)，从而提供高纯度的引物。纯化后的DNA纯度大于90%，相比与其他两种方法，PAGE纯化对长链Oligo DNA (大于50 mer)的纯化特别有效，制品纯度保证90 ~ 95%。如订购的DNA欲用作RT-PCR引物、各种探针，或用于PCR克隆测序、定点突变等，请选用PAGE纯化制品。
ULTRA PAGE：理论上分析型PAGE变性电泳，可以区分引物之间一个碱基的差别。经过PAGE纯化的引物，特别是长引物要的量都比较高，上样量都是非常大，电泳时的条带往往比较宽，带与带之间有重叠，分辨率有所下降，电泳后割带回收目的引物时，导致割的条带有时可能比较宽，很难避免割到差别仅一个或几个碱基的引物。因此生工生物为了给客户更好解决以上问题，将原有的PAGE纯化方式升级优化为现在的ULTRA PAGE纯化方式，即在PAGE纯化的同时配合质谱对DNA进行定性分析，以保证回收片段的正确性。
3. HPLC纯化方法
HPLC (High Performance Liquid Chromatography)是使用高效液相色谱的原理，依据DNA的疏水性来分离产物的。合成粗产物中不同长度的 DNA 片段的疏水性不同，一般来说较长的片段具有较强的疏水性，AT含量高的片段也具有较强的疏水性。先将粗产物检测主峰位置，再增加加样量，回收主峰位置的部分。该方法用于分离纯化时能达到很高的纯度和灵敏度，可以有效的去除大部分N-短片段，因而可以除去失败序列或未结合的标记物，从而对DNA片段进行纯化。同时配合质谱对DNA进行定性分析，以保证回收片段的正确性。由于HPLC产品的纯度非常高，使用本法纯化的DNA制品可适用于各种基因工程实验。主要用于PCR克隆、定点突变、人工合成基因、长链和修饰引物的纯化等。它的优点是自动化程度高、省人力；弱点是纯化量通量小、成本较高。
