Octet相互作用分析仪在核酸结合与凝胶迁移实验（EMSA）中的应用

核酸结合与凝胶迁移实验（EMSA）

核酸（DNA/RNA）和蛋白的相互作用检测在研究基因调控、适配子筛选等方面有着广泛的应用，目前经典的研究方法主要是凝胶迁移实验（EMSA）。该方法主要包含探针标记和纯化、配制胶、电泳、转膜以及分析等步骤，耗时冗长且操作繁琐。虽然结果可用于定性和定量分析，但实验者经常被定量不准确、重复性差等问题所困扰。 
 

如果您希望

• 在15分钟内获得实验结果
• 更准确，更丰富的定量结果（结合速率，解离速度，亲和力）
• 无需制备探针，样品仅需稀释就可用于检测

那赶紧试试基于生物层干涉（BLI）技术的Octet相互作用分析仪（原ForteBio）！
 
 

15分钟迅速解决战斗！

实验流程包含

（1）缓冲液平衡1分钟；
（2）1-3分钟的核酸固化；
（3）二次平衡缓冲液1分钟；
（4）分析物和配体结合；
（5）分析物解离。

 
实验者只需要准备生物素化的核酸以及普通蛋白样品，再加上Octet链霉亲和素传感器（Octet SA Biosensor）就行啦！
 
 

 2020年诺奖获得者
CRISPR女神Jennifer也在用BLI技术

目前已经有几百篇已发表的文章（其中CNS十篇左右）用BLI技术做核酸和其他物质的相互作用！其中包括2020年诺贝尔化学奖获得者，CRISPR-Cas9女神Jennifer Doudna。
 

 
CRISPR-Cas9是近几年最火的基因剪辑技术。科学家们利用Cas9，能够切割细胞中的DNA，但Cas9有时也会切割与它靶向的序列相类似的其他DNA序列，也就是所谓的脱靶效应，因此如何精确调控这个系统也同样重要。这就好比坐在没有刹车的汽车上，随时都有可能翻车！
  
Jennifer的团队在Science Advances期刊上发表了题为“Disabling Cas9 by an anti-CRISPR DNA mimic”的论文，报道他们发现了一种来自于李斯特菌中的抗CRISPR蛋白AcrIIA4，可以阻断Cas9的活性并降低可能导致不良副作用的脱靶基因编辑。
 

 
为了进一步掌握AcrIIA4的竞争作用机制，科研人员通过生物层干涉技术研究了AcrIIA4对dCas9-sgRNA与靶标DNA的结合的影响。如下图：
 

将生物素化的靶点DNA固化在链霉亲和素传感器上，与混入了不同浓度的AcrIIA4的dCas9-sgRNA复合物结合。实验发现混入的AcrIIA4浓度越高，dCas9-sgRNA结合信号越小，说明AcrIIA4会抑制靶点DNA和dCas9-sgRNA的结合。
 

 
另外，中科院微生物所高福组发表的一篇NATURE中，也用Octet检测RNA和蛋白的相互作用（点这里）。
 
 

Octet检测核酸相互作用的优势

当然Octet神器不局限于检测核酸，可检测的物质包括小到100多Da的化合物，蛋白质，多糖，纳米颗粒，脂质体，病毒等。尤其在核酸样品检测方面比传统的EMSA方法有众多优势，详见下表：
 

“实验室打工人”苦EMSA久矣，还不试试Octet？
 


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