预测蛋白相互作用软件的学术交流记录
A:想请问一下预测两个蛋白之间的相互作用有什么方法吗?
殷赋科技:用蛋白-蛋白对接方法。蛋白-蛋白对接有好多软件都可以做，比如ZDOCK(Discovery Studio里边也整合了这个软件)、Hex、Rosetta。我们平台将来也会上线这个功能。
B:请问一下大家，做分子对接是怎么收费的呀?
殷赋科技：平台分子对接收费标准在这里：http://www.yinfotek.com/platform
C:我也想问一下，预测蛋白之间相互作用是否有相应的方法和软件，怎样收费?
殷赋科技:ZDOCK免费，Rosetta可以申请学术license。
D:问下vina可以做蛋白对接吗?
E:可以。
F:效果不好哦。
殷赋科技：一般不用vina做蛋白-蛋白对接。一个可选的方案是先用ZDOCK做刚性对接，然后算分子动力学。
D:ZDOCK对接效果并不好，在前期增加了binding site限制后，对接后的空间位置仍然是偏离的。
殷赋科技: 那就用Rosetta。不知道大家有没其他推荐。
G:我个人感觉zdock是非常准的。
殷赋科技:那就好啊。我正打算把这些软件开发成便捷的方案呢。
H:那个Rosseta特别麻烦，自学会遇到好多坑。不知道有没有人有好的资料，或交流群。
殷赋科技:Rosetta官方教程讲得就非常好了：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking#preparing-structures-for-docking
H:那个pyrosetta(Python包)，给的函数太多了。要想掌握，有不少坑。
殷赋科技:蛋白-蛋白对接也可以用I-TASSER: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/。
H:rosetta可以设计蛋白，这个应该比docking和MD更有技术含量吧?Rosetta擅长设计蛋白，如果是奔着这个目标的话，建议用它。
殷赋科技: 研究好了Rosetta，来写篇教程或者经验分享啊，欢迎大家踊跃投稿!
A:这些软件win系统可以使用吗?
殷赋科技:应该有win，http://zdock.umassmed.edu/。
A:如果只是想预测一下，两个蛋白是否有相互作用，有什么比较快捷的网站之类的吗?
殷赋科技:试试这个 http://string-db.org/。
H: 云平台是你们自己的服务器还是基于阿里云的?
殷赋科技 :我们自己的服务器。
I: 能用你们的平台免费做对接吗?
殷赋科技:现在注册就有2张计算券。
H :有模板报告结果么?可以给大家看看平台能做出些什么指标或结果。
殷赋科技:有公众号文章。因为手头事情多，目前还在开发很多功能，暂时没时间做模板。将来会逐步完善的。
目前我们平台有vina和dock6两个方案，可以做蛋白、核酸、多肽、小分子两两间对接，蛋白-蛋白除外。多肽、核酸作为配体的话，只支持少于6个氨基酸、碱基的情况，当做有机小分子来处理。因为数量多了，就不准确。
H:一直对分子对接和MD感兴趣，搜了那么微信号，只有你们一直坚持专门针对这些写分享文章。
ECD实验数据的波长
殷赋科技:请教下天然产物领域的朋友，各仪器测定的ECD实验数据中，波长都是整数吗，有没有出现小数的?我没操作过仪器，所以不清楚。
J:应该是可以设定的，我记得有个参数是设定每秒钟测定的数据点数。
我们目前测的都是整数，参数都是用的那一个。
我目前测的没有小数，只有整数，不知道调参数之后会不会有。
殷赋科技:我想大多数人应该不会设置成有小数的吧，不然数据点就大十倍了。
J:可是我计算出来的数据都是带小数的，还要筛选一下，保留整数。
薛定谔教程
K:薛定谔或是新版ds有没有教程啊?
殷赋科技:这些软件都自带教程吧。
K:那个help看着有点乱。
殷赋科技:网上搜下应该有，看看其他群友有没有可供分享的咯。
K:有时那些设置的参数不知道要不要按教程来。
殷赋科技:这就要你对参数有足够了解了。
K:那看来还是要看help里的介绍了。
殷赋科技:是啊，开卷有益。
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