葵花宝典：蛋白质组学发文章的四重境界

某宝典卷首曰：“欲练神功，必先自宫。”卷尾曰：“即使自宫，未必成功。”这个惨痛案例告诉我们，欲成大事必付出常人难及的巨大代价，然而最终是否成功，仍有很多因素影响，练错一招，走火入魔。临床医生做科研亦如此，白天忙临床已经是一把辛酸泪，还要晚上写文章、申课题，简直是满纸荒唐言。

倘若砸下百万经费就能发CNS，世界和平就不再是梦想，可惜隔行如隔山，纵使柳叶刀旋转跳跃不停歇，一样会落入基因测序的恶性循环；宝贵的临床样本堆积成山，如何修炼科研神功，将之化为文章的金矿？少年郎，陈博见你骨骼惊奇，请收下这部《蛋白质组研究宝典》。

宝典总纲：“天之道，损有余而补不足，是故虚胜实，不足胜有余。”陈博给大家强行翻译成大白话：蛋白质是一切生命活动的直接参与者，蛋白质表达的差异将影响到相关的生理功能变化，蛋白质组学研究是揭示疾病相关分子机制的最直接研究手段，iTRAQ技术是最常用的蛋白质组学研究方案。

译文：样本+iTRAQ+WB。这是最简单粗暴但有效的蛋白质组学研究套路，在临床样本中用iTRAQ找到差异蛋白，经过最基本的数据分析后，进行WB或IHC的验证，发在诸如：Proteomics、Proteome Sci、Plos One等杂志上，屡试不爽。如下例：

Fang P, Ying H, et al. Dissecting characteristics and dynamics of differentially expressed proteins during multistage carcinogenesis of human colorectal cancer. World J Gastroenterol. 2016. (IF=2.8)

这篇文章用一台5600质谱仪做iTRAQ（目前蛋白质组研究中，主流的高分辨率质谱是QE或5600），在样本中找到3000多种差异蛋白，并做了GO分析、聚类分析、数据统计等最基本的数据分析，最后做了IHC验证，影响因子2.8分。

此类研究周期短、花钱少、文章好发、有深挖潜力，实乃抢时间毕业、赶时间结题的神器！作为接下来一系列课题申请的前期研究，这足以打下坚实的基金申请基础。

译文：细胞+基因芯片+iTRAQ+WB+功能验证。遥想当初，很多老师意气风发砸钱做芯片，数据堆积如山，一脸懵逼。然而如今世风日下，基因芯片灌水发文章很难上5分，怎么将课题继续下去？其实芯片数据结合蛋白质组学可以玩出新花样，比如下面这篇：

Cheng DD, Yu T, et al. MiR-542-5p is a negative prognostic factor and promotes osteosarcoma tumorigenesis by targeting HUWE1. Oncotarget. 2016. (IF=5.0)

作者甚至没有临床样本，只在细胞水平通过miRNA芯片找到功能miRNA，随后干扰miRNA，做细胞水平的iTRAQ，找到了miRNA的作用靶点，并进行了WB验证，最终做了简单的功能验证，影响因子5.0分。

此外，在5分这一档上，还有个iTRAQ灌水小神器：SCIENTIFIC REPORTS杂志(IF=5.2)。其中的蛋白质组研究套路非常简明：临床样本+iTRAQ+数据分析+WB/IHC+功能验证。对于经费紧张的老师，这是目前发5分文章性价比最高的方案之一。

译文：临床样本+ iTRAQ + WB/IHC +功能验证+临床相关性。转化医学的轮回，就是从临床出发，再回到临床。若要将研究档次再上一层楼，从5分向10分攀登，必然要回到大量临床样本的验证中，将新发现的Biomarker的临床相关性予以证实。下面这篇文章，若能在分子机制上略加探索，分数再上一层楼绝不是问题：

Chiung HH, Chia WH, et al. Identification and characterization of potential biomarkers by quantitative tissue proteomics of primary lung adenocarcinoma. Mol Cell Proteomics. 2016.(IF=5.9)

此时，发文章已经不再是唯一的目标，找到更有临床价值的Biomarker，做成诊断试剂盒，申请专利，开公司，走上人生巅峰将不再是遥不可及的梦想。

译文：临床样本 + iTRAQ + 蛋白质组对基因组的深度注释。第四重功法变化多端，突破10分之后，每一项研究都饱含了深思熟虑，无法简单重复，只可意会不可言传，这里只能略举一例：

Mertins P, Mani DR, et al. Proteogenomics connects somatic mutations to signalling in breast cancer. Nature. 2016. (IF=38.1)

（详见上期文章《蛋白组学之逆袭，深度注释基因组》）

今日华山论剑，陈博只分享神功的前四重境界，其余五重心法奥妙无穷，凶险异常，不可轻易尝试。其意博，其理奥，其趣深，天地之象分，阴阳之候列，变化之由表，死生之兆彰，不谋而遗迹自同，勿约而幽明斯契，稽其言有微，验之事不忒，诚可谓至道之宗，奉生之始矣。

蛋白质组学研究是临床医生的万金油，想充分利用手里的临床样本？想发高档次文章？想设计自己的研究方案？请通过下方邮箱或微信与陈博联系，陈博给你开小灶。