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AI育种,从这里起步

浏览次数:1817 发布日期:2022-5-7  来源:慧诺瑞德

人工智能(Artificial Intelligence, AI)是21世纪最火热的技术之一,其重要分枝计算机视觉技术更是在各行各业得到了广泛的应用。在农业领域,基于计算机视觉的植物表型技术,正逐步嵌入农业产业链各个环节中。

 

得益于基因组学、表型组学和人工智能的蓬勃发展,以及国家对“种源”的核心战略诉求,AI育种成为近年来的一个热词。

 

育种,是在给定的环境条件下,选择各种表型指标(产量、品质、抗性)最优的基因型材料的过程AI育种,就是利用人工智能技术帮助育种家加速育种材料筛选的进程,这里面既包括了基因型大数据的分析、预测,也包括表型大数据的分析、预测,实质上是希望借助人工智能的各种神经网络,加速“万一挑一”、“大海里捞针”的过程

 

自从2014年开始有人将深度学习和植物表型工作结合以来,AI以快速嵌入了植物表型的各个领域。而植物表型又被认为是制约现代农业发展的最大瓶颈之一。

 

在育种工作中,仍有大量表型工作在采用传统的“用牙咬、用眼瞪、用手摸”的方式进行。随着生物育种技术在我国的逐步放开,各种分子生物学、基因组技术的介入,育种将正式进入新纪元。分子手段辅助产生的海量育种材料,也都需要进行从室内到田间、从单株到群体的表型测量。我们有这么多人手进行表型测量吗?传统表型测量方式能跟上生物育种的步伐吗?答案肯定是否定的。这就需要高通量表型技术的介入。

 

育种的核心是产量、品质、抗性,这三者都属于植物表型指标。利用AI辅助的植物表型测量,加速育种筛选过程,是AI育种能起作用的理想路径。试举两例如下。

 

案例1  AI赋能玉米考种

对于全球第一大粮食作物、同时也是商业化程度最高的育种作物——玉米——而言,收获后的果穗和籽粒考种,是玉米育种中最枯燥乏味、最耗费时间的步骤之一,但又绝对不可或缺!

 

传统的人工考种存在用工多、效率低、误差大、测量指标少等缺点。利用AI技术为考种赋能,可以大大提高效率和准确度,降低人为干扰,大大加速育种筛选的效率。

 

多光能数字化玉米考种机iMaize®是基于AI技术对玉米的整穗截面籽粒进行考种的系统,能够自动测量穗数穗长穗宽穗周长穗投影面积秃尖长秃尖比例行数行粒数穗粒数粒宽粒厚粒长籽粒面积籽粒数等指标。


该系统功能强大、性价比高,是大规模玉米考种的不二选择,已经在数十家育种单位得到成功应用,大大提高了考种效率。
 
 

案例2  AI赋能田间表型测量

所有的育种,最终都要落实到田间群体测试。实验室是完成不了整个育种流程的。田间测试过程,也就是植物表型测量的过程

 

田间植物表型测量可以分为便携式、定点式、固定范围移动式(轨道式)、大范围移动式(步行车)和无人机测量等多种方式。综合自动化程度、测量精度、商业化程度和可靠性而言,轨道式高通量表型平台是目前最适合普及的田间表型平台之一,很重要的一个特性就是育种家可用。

 

要保障育种家可用,就是说不要让育种家去操心自动化的问题,不要让育种家去操心海量表型视觉数据分析的问题,而是让育种家聚焦于分析后的表型性状数据的深入挖掘,聚焦于育种问题本身。
 

轨道式高通量田间表型平台

 

从海量表型视觉数据(可见光、热成像等的二维成像,三维点云,高光谱数据cube等)到形成表格化的性状数据,不嵌入AI技术几乎是不可能的。在这方面,慧诺瑞德公司的TraitDiscover平台已经做的不错,实现了数据可为育种家、农学家、生物学家所用。

 

如果没有AI,而是让育种家将精力耗费到这些海量多源、多维视觉数据的分析上,哪里还有足够的精力解决育种本身的问题呢?

 

AI已来,我们应该张开怀抱拥抱AI,让这项酷炫的技术嵌入各行各业为我们服务。

 

植物表型本身就是一个跨学科领域,自带AI基因。而植物表型服务的对象就是育种和种植。AI通过植物表型赋能育种,是AI育种的重要发展方向之一。让我们用表型之“瞳”,赋农业之“慧”

来源:慧诺瑞德(北京)科技有限公司
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