oligo synthesis
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引物合成:
引物合成是通过测定引物的OD值,溶解引物,最终合成引物的一个完善的过程。 目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是由待合成引物的3′端向5′端合成的,相邻的核苷酸通过3′→5′磷酸二酯键连接。
引物合成是一种化学合成,一般都采用β--乙腈亚磷酰胺化学合成引物,合成时从3’→5’方向进行,通常3’端的第一个碱基结合在CPG (Controlled Pore Glass,CPG)上。
主要合成步骤:
第一步(脱保护):脱掉附加在CPG单体上的第一个碱基5’-OH基团上的保护基 (DMTr),准备附加下一个新的碱基。
第二步(活化):活化新的碱基单体 (Phosphoramidite),准备与第一个碱基进行反应。
第三步(偶联):第二个碱基与第一个碱基发生偶联反应。
第四步(封闭):将没有反应的第一个碱基的5’-OH加帽封死 (Capping),使其不再进一步参与反应。
第五步(氧化):将核苷亚磷酸酯氧化成更稳定的核苷磷酸酯 (即将三价磷氧化成五价磷)。
重复进行一至五步的循环,直至合成完所需的引物 DNA序列。
合成结束后,将引物分子从CPG上切下,再进行进一步的纯化。
引物长度
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产量(OD)
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纯化方式
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价格(¥)
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周期(工作日)
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<11 base (短链引物) |
1-2 | RPC | 20.00/条 | 3 |
3-5 | RPC | 30.00/条 | 3 | |
1-2 | HPLC | 100.00/条 | 3 | |
3-5 | HPLC | 150.00/条 | 3 | |
11-59 base | 1-2 | PAGE | 2.20/base | 3 |
3-5 | PAGE | 3.20/base | 5 | |
6-10 | PAGE | 4.20/base | 5 | |
1-2 | HPLC | 6.00/base | 4 | |
3-5 | HPLC | 12.00/base | 5 | |
6-10 | HPLC | 16.00/base | 5 | |
60-100 base | 1-2 | PAGE | 5.00/base | 5 |
3-4 | PAGE | 9.00/base | 5 | |
>100 base | 2 | PAGE | 询价 | 详询 |
1. 磷酸化(Phosphorylation): 5’磷酸化可用于接头、克隆和基因构建以及连接酶催化的连接反应。 磷酸化可抗外切酶消化的相关实验中,也用于阻止DNA聚合酶催化的DNA链延伸反应。
2. 生物素(Biotin):生物素修饰能够耐受热和pH。生物素化的DNA能够成功的转化进入细菌 。 引物生物素标记,可用于非放射性免疫分析来检测蛋白质、胞内化学染色、细胞分离、核酸分离、杂交检测特异性的DNA/RNA序列、离子通道构象变化等。
3. 地高新(Digoxigenin):地高新是一种从毛地黄植物分离出来的类固醇物质,因为毛地黄植物的花和叶子是这种物质唯一自然来源,所以抗地高新抗体不会结合到其他生物物质。地高新经由一个11个原子的间臂连接到脲嘧啶的C5位置。杂交的地高新探针可以由抗地高新抗体来检测, 这个抗体一般会与碱性磷酸酶,过氧化物酶,荧光素或胶体金偶连。或者没有偶连的抗地高新抗体但偶连的抗抗体。 地高新标记的探针可用于各种杂交反应,如DNA-DNA杂交(Southern blotting),DNA-RNA杂交(Northern blotting)斑点杂交(Dot blotting ), 克隆杂交,原位杂交以及酶联免疫分析(ELISA)。
4. 内部氨基修饰:主要用C6-dT aminolinker来加到胸腺嘧啶残基上来进行内部修饰。修饰后氨基与主链相距10个原子距离,可用于进一步的标记和酶连接(如碱性磷酸酶)。
5. 5'氨基修饰:可用于制备功能化的寡核苷酸,广泛应用在DNA芯片(DNA Microarray)和多重标记诊断系统。目前提供5' C6 氨基修饰和5' C12氨基修饰两种, 前者可用于连接一些即便靠近寡核苷酸也不会影响其功能的化合物,后者用于亲和纯化基团的连接和一些荧光标记,尤其是当荧光可能会因标记太靠近DNA链而被淬灭时。
6. 3'氨基修饰:可用于制备功能化的寡核苷酸,广泛应用在DNA芯片(DNA Microarray)和多重标记诊断系统。目前提供5' C6 氨基修饰和5' C12氨基修饰两种, 前者可用于连接一些即便靠近寡核苷酸也不会影响其功能的化合物,后者用于亲和纯化基团的连接和一些荧光标记,尤其是当荧光可能会因标记太靠近DNA链而被淬灭时。
7. 巯基(Thiol):5'-巯基在很多方面与氨基修饰类似。巯基可用于加附各种修饰如荧光标记物和生物素。 例如可以在碘乙酸和马来酰亚胺衍生物存在下来制作巯基连接的荧光探针。 5'的巯基修饰主要用5'巯基修饰单体(5'-Thiol-Modifier C6-CE Phosphoramidite 或Thiol-Modifier C6 S-S CE Phosphoramidite)。 用5'-Thiol-Modifier C6-CE单体修饰后必须进行硝酸银氧化以去除保护基(trityl),而Thiol-Modifier C6 S-S CE单体修饰后须用DTT将二硫键还原成巯基。
8. Spacer:Spacer 可为寡核苷酸标记提供必要的间隔以减少标记基团与寡核苷酸间的相互作用,主要应用于DNA发夹结构和双链结构研究。 C3 spacer 主要用于模仿核糖的3'和5'羟基间的三碳间隔,或“替代”一个序列中未知的碱基。 3'-Spacer C3用于引进一个3'间臂从而阻止3'端外切酶和3'端聚合酶发挥作用。 Spacer 18 常用于引进一个强疏水基团。
1. 引物冻干粉
2. 检测报告
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