基因组学，是研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。该学科提供基因组信息以及相关数据系统利用，试图解决生物、医学、工业领域、食品与农业等领域的重大问题。
全基因组表达谱是指全基因组的转录水平。通过全基因组表达谱研究，加以生物信息学分析，能够解析出在特定条件下（疾病、药物刺激等）整个基因组哪些基因的表达水平上调或下调。生命体是一个复杂的系统，生命活动的调控往往不是单一基因完成的，需要站在宏观（全基因组）层面上研究基因互作。
全基因组表达谱芯片能够快速、高通量、特异性地完成全基因组表达谱研究，是全基因组表达谱研究的首选技术手段。
一、技术路线和方法：
二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01：原始数据预处理与均一化
Part02：差异基因筛选
Part03：聚类分析（层次聚类、K-means聚类）
Part04：差异基因GO分类
Part05：差异基因pathway分析
Part06：基因互作网络构建（Network）
2.2 高级数据分析
Part08：转录因子结合位点分析（对植物）
Part09：数据驱动网络构建（对多个时间点）
Part10：疾病分型
Part11：疾病预测模型构建
Part12：基因表达趋势显著性分析
三、芯片平台
芯片平台
（Human） |
型号 |
转录本数量 |
规格 |
货号 |
| Affymetrix |
Human Genome U133
Plus 2.0 Array |
47000条(包含38500个基因) |
1× |
BT1000111 |
| Agilent |
SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K |
27958条mRNA |
8×60K |
BT1000112 |
| 7419条lincRNA |
| Agilent |
Agilent Whole Human Genome Oligo Microarray |
41,000条 |
4×44K |
BT1000113 |
| 华联 |
人类表达谱芯片v6 |
32679条(包含938条控制探针) |
1× |
BT1000114 |
芯片平台
（RAT） |
型号 |
转录本数量 |
规格 |
货号 |
| Affymetrix |
Rat Genome 230 2.0 Array |
31000条(包含28000个基因) |
1× |
BT1000131 |
| Agilent |
Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K |
30003条 |
8×60K |
BT1000132 |
| Agilent |
Agilent Whole Rat Genome Oligo Microarray |
41012条 |
4×44K |
BT1000133 |
| 华联 |
大鼠表达谱芯片v1 |
25338条(包含980条控制探针) |
1× |
BT1000134 |
芯片平台
（Mouse） |
型号 |
转录本数量 |
规格 |
货号 |
| Affymetrix |
Mouse Genome 430 2.0 Array |
39000条(包含34000个基因) |
1× |
BT1000121 |
| Agilent |
SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K |
39430条mRNA |
8×60K |
BT1000122 |
| 16251条lincRNA |
| Agilent |
Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray |
41174条 |
4×44K |
BT1000123 |
| 华联 |
小鼠表达谱芯片v2 |
27295条(包含872条控制探针) |
1× |
BT1000124 |
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