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Bioinformatics Solutions Inc. (BSI) 隆重发布了 PEAKS® Studio 12！借助最新的质谱技术，BSI 致力于通过提供具有深度学习和突破性算法的蛋白质组学数据分析解决方案来推动相关研究，支持 DDA 和 DIA的非靶向及靶向数据，实现全面的多肽和蛋白质定性定量分析。
新版本，新高度！如何利用PEAKS® 12推进您的蛋白质组学数据分析，让我们先睹为快！
PEAKS® Studio 12新功能亮点
新版本，新高度！如何利用PEAKS® 12推进您的蛋白质组学数据分析，让我们先睹为快！
PEAKS® Studio 12新功能亮点
01 PEAKS® DIA 工作流
· 多肽/蛋白质定性定量深度提高20%
· Hybrid-DIA专门用于靶向和发现驱动的临床蛋白质组学研究
02 DeepNovo Peptidome 工作流
· 新增Gene table填补蛋白质组学和基因组学之间的差异信息
· 支持NGS非经典数据库检索
· 多肽组学非标记定量和自动化QC工具
· 支持DeepNovo-DIA多肽组数据分析
· 支持NGS非经典数据库检索
· 多肽组学非标记定量和自动化QC工具
· 支持DeepNovo-DIA多肽组数据分析
03 DeepNovo工作流
· 整合最新GraphNovo 算法 [1]
· 可使用GPU提高分析速度
· 实现从头测序的FDR质控
· 可使用GPU提高分析速度
· 实现从头测序的FDR质控
04 PRM工作流
· 新增PRM靶向定量分析（仅限 PEAKS Studio）
· 新增离子对列表导出选项：从 DIA LFQ 结果中，用户可以导出 PRM 和 MRM 离子对列表
05 非标记定量（LFQ）
· LFQ支持使用所有特征峰（Feature-based)或仅含定性信息特征峰定量(ID-direct)两种方式
· 所有 LFQ的结果中均添加了主成分分析图(PCA)
· 火山图优化
06 翻译后修饰 (PTM) 和突变位点分析
· 更可信的翻译后修饰和突变鉴定：基于谱图中碎片离子的直接证据提高修饰、突变位点的可信度
07 提升用户体验、自动化等
· 提交分析的批处理选项
· 数据库序列和格式校验
· 原始数据处理和提取的过滤选项
· 结果表格自动导出
· 以 SVG 格式导出图像
· PSM离子表格导出
PEAKS®：先进的蛋白质组学数据分析解决方案
PEAKS® 是一款由深度学习技术驱动的蛋白质组学专业软件，结合了谱图库搜索、直接数据库搜索和从头测序三种分析方法，可达到更高的多肽鉴定率。PEAKS® 12 支持数据依赖采集（DDA）和数据非依赖采集（DIA）的常规3D和带有IMS离子淌度的4D数据。作为仪器商中立的产品，PEAKS®能够直接读取各类不同质谱仪产生的原始下机数据进行分析，也支持多种其他的标准数据格式。PEAKS® DDA 数据分析流程包括de novo/DeepNovo（从头测序）、de novo辅助DB（数据库搜索）、PEAKS® PTM（未知翻译后修饰）鉴定、SPIDER同源性搜索（查找突变）和DeepNovo Peptidome（肽组学数据专门工作流），PEAKS® DIA 数据分析流程包括DIA定性（谱图库搜索、直接数据库搜索和从头测序）和DeepNovo-DIA Peptidome。PEAKS® Q 附加模块支持标记定量和非标记定量 (LFQ)分析。
PEAKS®在每个分析结束的节点都提供交互式的可视化图表，并可以直接导出。PEAKS® 12新增了靶向定量分析功能，包括 PRM和 hybrid-DIA数据。
PEAKS®在每个分析结束的节点都提供交互式的可视化图表，并可以直接导出。PEAKS® 12新增了靶向定量分析功能，包括 PRM和 hybrid-DIA数据。
高精度、可扩展的PEAKS® DIA工作流程和全新的hybrid-DIA数据支持
PEAKS® DIA 工作流提供全面的多肽和蛋白质定性定量方案，鉴定率提高了20%。
PEAKS®12在DDA的PTM和SPIDER结果中，可导出包含可信翻译后修饰和突变肽段的谱图库，从而进一步提升DIA数据分析的深度和准确性。hybrid-DIA 工作流目前仅在 PEAKS® Studio 中提供，这是一种结合了发现和靶向验证两种模式的新的采集方法，是临床蛋白质组学研究的理想选择。
DeepNovo Peptidome功能更强大，支持DDA和DIA多肽组数据的定性定量分析
DeepNovo Peptidome 工作流旨在通过基因表信息来填补蛋白质组学和基因组学之间的差异信息。
此功能可实现多肽鉴定与相应基因组数据信息的无缝衔接。PEAKS®12 的DeepNovo Peptidome新工作流支持自定义非经典参考序列库，因此可以鉴定出标准物种数据库匹配不到的突变和修饰肽段。
此功能可实现多肽鉴定与相应基因组数据信息的无缝衔接。PEAKS®12 的DeepNovo Peptidome新工作流支持自定义非经典参考序列库，因此可以鉴定出标准物种数据库匹配不到的突变和修饰肽段。
新版本支持多肽组数据的非标记定量分析，并辅以自动化 QC 工具以确保数据质量和可靠性。此外，DeepNovo-DIA Peptidome工作流将多肽组分析扩展到了DIA数据，为深度多肽组学研究提供了强大的解决方案，并确保了多肽和蛋白质鉴定的精度。
全新升级的DeepNovo，速度最快、最准确的PEAKS®从头测序
DeepNovo工作流引入最新的GraphNovo算法，实现了重大升级，显著提高了肽段从头测序的准确性和速度。[1]
在GPU的加持下，此次升级利用先进的图形算法来优化多肽鉴定，分析复杂样本时优势尤为明显。配置GPU可以显著提高谱图处理速度，加速数据分析进程。
PEAKS®12首次实现肽段从头测序的FDR质控，更可靠、更准确地控制从头测序结果中的假阳性。强大的新功能使得PEAKS® DeepNovo 成为前沿蛋白质组学研究的有力工具，提供前所未有的多肽和蛋白质鉴定速度和精度。
PEAKS® PRM/hybrid-DIA支持靶向定量分析
PEAKS® 12 新增PRM和hybrid-DIA靶向定量工作流，可以精确、可靠地定量复杂生物样本中的目标肽段。
PRM是在质谱采集时预先设定目标肽段信息的靶向方法，因此即使在存在干扰物质的情况下也能确保准确且高可重现的定量结果。PRM 靶向定量分析可显著提高灵敏度和特异性，已成为深入蛋白质组学研究和生物标志物验证不可或缺的工具。整合PRM工作流后，PEAKS®可以实现高度可信的靶向蛋白质组学绝对定量分析。
PRM是在质谱采集时预先设定目标肽段信息的靶向方法，因此即使在存在干扰物质的情况下也能确保准确且高可重现的定量结果。PRM 靶向定量分析可显著提高灵敏度和特异性，已成为深入蛋白质组学研究和生物标志物验证不可或缺的工具。整合PRM工作流后，PEAKS®可以实现高度可信的靶向蛋白质组学绝对定量分析。
更可信的位点鉴定：基于谱图中碎片离子的直接证据提高修饰、突变位点的可信度
PEAKS® PTM（翻译后修饰）和SPIDER（同源突变）分析功能利用强大的算法和综合评估指标，基于氨基酸水平的碎片离子证据提供高精度的修饰、突变肽段位点鉴定，帮助研究人员精确定位蛋白质内的特定修饰和突变位点，从而进一步准确地了解蛋白质的相关功能和调控机制，更深入地了解蛋白质动力学和疾病机制。并且对于推进我们对生物过程的理解和制定有针对性的治疗方案至关重要。
References & Resources
1. Mao, Z., Zhang, R., Xin, L. et al. Mitigating the missing-fragmentation problem in de novo peptide sequencing with a two-stage graph-based deep learning model. Nat Mach Intell 5, 1250–1260 (2023). doi:10.1038/s42256-023-00738-x
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作为生物信息学的领军企业，BSI专注于蛋白质组学和生物药领域，通过机器学习和先进算法提供世界领先的质谱数据分析软件和蛋白质组学服务解决方案，以推进生物学研究和药物发现。我们通过基于AI的计算方案，为您提供对蛋白质组学、基因组学和医学的卓越洞见。旗下著名的PEAKS®️系列软件在全世界拥有数千家学术和工业用户，包括：PEAKS®️ Studio，PEAKS®️ Online，PEAKS®️ GlycanFinder, PEAKS®️ AB，DeepImmu®️免疫肽组发现服务和抗体综合表征服务等。
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