DNA羟甲基化芯片/技术服务

DNA羟甲基化芯片/技术服务
 

     DNA 羟甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对基因的表达起调控作用，在神经分化和癌症中发挥重要的作用。这种新的DNA甲基化修饰形式—5羟甲基胞嘧啶修饰在哺乳动物细胞组织广泛存在。这种羟甲基化修饰被认为是双加氧酶家族TET通过氧化5甲基化胞嘧啶形成的。为深入了解5hmC的作用，我们就必须清楚5hmC在基因组的分布情况。然而，传统的基于重亚硫酸盐的方法无法区分5-hmC和5-mc。5-hmC单克隆抗体捕获法是研究DNA羟基化修饰的利器，结合芯片技术以及生物信息分析，可以获得全基因组羟甲基化分布图，从而能帮助我们从一个新的角度来解析胚胎发育，神经细胞分化以及癌症发生的分子机制。

    国际知名芯片公司Arraystar和罗氏-NimbleGen设计的羟甲基化DNA免疫共沉淀芯片hMeDIP-chip则为我们检测5hmC的水平提供了有效的研究工具。
 

康成生物为您提供羟甲基化芯片技术服务，可以快速便捷地确定5hmC在ncRNA和mRNA启动子区，以及其他一些重要的基因组区域的分布。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，包括酶消化基因组DNA、5’羟甲基化DNA免疫共沉淀、hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增、荧光标记、芯片杂交、图像采集和数据分析、并提供完整的实验报告。

Arraystar 4x180K 启动子芯片

    Arraystar 启动子芯片是专门为研究启动子区域的甲基化，羟甲基化，组蛋白修饰以及转录因子结合而设计的产品，覆盖所有RefSeq数据库基因的启动子区（Arraystar RefSeq Promoter Array）或是所有非编码RNA的启动子区（Arraystar ncRNA Promoter Array），能够满足不同客户的需求。180 K的芯片，启动子的覆盖范围近2kb，并覆盖了几乎所有启动子区附近的CpG岛，是一款高品质高性价比的羟甲基化芯片产品。

Arraystar RefSeq 启动子芯片产品列表

Arraystar  ncRNA 启动子芯片产品列表

 

Arraystar 癌症相关甲基化芯片
Arraystar 4 x 180K Block芯片
    Arraystar 4 x 180K Block芯片是专门为研究癌症相关的block区域而设计的产品，覆盖位于7088个block区域中的2554个蛋白编码基因、8481个长链非编码RNA、463个miRNA genes。通过这款芯片可以检测block区域中的基因和LncRNA的甲基化变化，组蛋白修饰以及转录因子结合情况。此外，结合Arraystar Block表达谱芯片，还可以了解甲基化变化与基因表达水平间的联系。

 

 

    最新研究表明：癌症中存在着一些低甲基化的区间（block），这些区间的长度在5kb到10M之间，长度中位值为28kb。1/3的基因转录起点都位于这些block中。此外，这些低甲基化的block与包括LADs*和LOCKs*在内的异染色质区域存在着很大重叠，表明癌症中的甲基化变化与染色质结构改变之间存在着很大的关联性。此外，低甲基化block中包含了绝大部分在肿瘤中表达变异较大的基因。而且，这些区域不仅整体甲基化水平下降，而且相对于正常样品，它们在不同肿瘤样品中甲基化水平变化更加剧烈。这表明：基因在癌症中的平均表达水平和平均甲基化程度固然很重要，它们在不同样品中的均一性也不容忽视，甚至是更加重要。

*：LADs：与核纤层蛋白结合的DNA区域。

LOCKs（large organized chromatin lysine modifications）：富含异翻译后修饰（例如：组蛋白H3K9二甲基化修饰）的异染色质区域。

图1. 26个位于低甲基化block区域内的高变异基因的标准表达值（log转化后）。这些基因在肿瘤样品（红色点）中展现出剧烈的表达变异，而在正常样品（蓝色点）中表达变异很小。

Arraystar 4 x 180K DMR芯片

    Arraystar 4 x 180K DMR芯片是专门为研究癌症相关的差异甲基化区域而设计的产品，覆盖12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸。通过这款芯片不但可以检测癌症相关的甲基化变化，还可以了解引起这种甲基化变化的CpG岛边界漂移模式，从而更加全面直观的解析癌症甲基化组。

 

 

    癌症中，除了低甲基化的长区间（block），还存在着许多长度小于5kb的差异甲基化区域（DMRs），被称为small DMRs。大部分癌症或组织特异性的差异甲基化区域（small DMRs）都位于CpG岛边缘2kb以内；相对于CpG岛，这一CpG密度较低区域称之为CpG岛岸（CpG shore）。癌症中，CpG岛边界发生漂移，从而导致CpG岛岸的甲基化水平发生变化：当CpG岛边界向CpG岛内部移动时，CpG岛岸发生超甲基化；当CpG岛边界向外移动时，CpG岛岸发生低甲基化。CpG岛边界的变化导致了基因表达的改变（图1）。
 

图1. DMR区域丧失甲基化稳定性的模式。图中横轴代表基因组特定区域，纵轴代表相应位点的甲基化程度，蓝色的线代表正常样品，红线代表癌症样品，DMRs区域用粉红色的背景标记。癌症相关的甲基化变化可以分为四类主要的模式：（a）甲基化边界外移；（b）甲基化边界内移；（c）甲基化边界消失；（d）通过去甲基化形成的新的DMR区域。

 
Roche-NimbleGen CpG promoter芯片
    单芯片设计覆盖所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区，720K的人甲基化芯片，基因启动子的覆盖范围达3-4kb，覆盖几乎所有的CpG岛，在500bp长度的区域内可以达到2个CpG位点的灵敏度，是一款覆盖区域非常全面的芯片产品。
    至今，已有很多国内外生物学家利用NimbleGen CpG启动子芯片的研究成果发表于国际顶级期刊。
 

康成生物羟甲基化芯片服务技术优势

*   一站式服务：客户只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作（图1）和数据分析流程，并提供完整的实验报告。

*  hMeDIP富集效果特异性佳：hMeDIP是获得准确测序数据的关键。康成在表观遗传领域有着丰富的经验，hMeDIP平台经过不断地优化，抗体富集效率高和特异性好。

*  严格的质控体系：康成生物在hMeDIP-chip每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的实验质量。如果达不到标准，我们会重复实验步骤或者优化实验体系，使得每个样品都能够达到质控标准（图1，2）。

*  丰富的生物信息学分析：除了严谨，可靠的实验体系，康成生物还有强大的生物信息学团队，为客户提供paper级的图表和深入的数据分析服务

 康成生物DNA羟甲基化芯片技术服务实验流程
1. 超声打断基因组
    将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段
2. 羟甲基化DNA免疫共沉淀
    a)  加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份
    b)  其中一份单链DNA样品加入抗5’-羟甲基化胞嘧啶核苷抗体
    c)  用免疫磁珠法分离b步样品中5’羟甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉
    d)  纯化免疫共沉淀的DNA片段（hMeDIP）
    e）评估免疫共沉淀的富集效率
3. hMeDIP与 Input DNA片段线性扩增
    使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段（hMeDIP 与 Input）进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升，用微量的检测样品就能得到精确的检测结果
4. 荧光标记
    对hMeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记
5. 芯片杂交
    标记后的hMeDIP与Input样品混合、变性，与甲基化微阵列检测芯片杂交
6. 图像采集和数据分析
    用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号；用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告
7. 提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表
    ● Scanning Image：Cy3、Cy5荧光扫描图像
    ● Raw Data：包括每个探针的荧光信号强度原始数据
    ● Probe Report：经过校正得到每个探针的log2(hMeDIP/input)值以及p-value值。
    ● log2(hMeDIP/input)值代表每个探针在hMeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率；P-Value越低，表示该探针越有可能代表一个甲基化事件，P-Value由修正的KS检验算法计算
    ● Peaks Report：Peaks代表可能的DNA羟甲基化区域，由专业商用软件计算，报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息
    ● Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考
8. Differential Enrichment Peaks（Advanced Analysis）
    Differential Enrichment Peaks（DEP）利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域，从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能，这对于后续实验及分析是非常重要的
 

详细DNA羟甲基化芯片技术服务介绍请访问：http://www.kangchen.com.cn/service/Servicemain.asp?id=199

 

 

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上海康成生物工程有限公司自2002年起专注于生物科研技术服务，是国内最早一批专业提供生命科学前沿研究技术服务的高科技企业。为进一步拓展在医学科研服务领域业务的深度和广度，向多谱领域发展，重塑品牌 Aksomics（数谱生物）。Aksomics全面整合公司在非编码RNA（lncRNA、circRNA、small RNA等）、表观遗传学、蛋白组学等检测方向的核心技术，依靠自身优秀的研发、技术、营销和服务团队，凭借国际领先的技术平台和高标准的质控体系，形成了涵盖表观基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等各个研究领域的一站式技术平台。

【表观基因组学】 DNA甲基化芯片、DNA羟甲基化芯片、染色质免疫共沉淀芯片、DNA甲基化测序、DNA羟甲基化测序、染色质免疫共沉淀测序、MeDIP-PCR、hMeDIP-PCR、ChIP-PCR等

【转录组学】LncRNA芯片、LncPath™芯片、环状RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、全基因组表达谱芯片、RNA测序、RNA m6A甲基化测序、small RNAs测序系列（microRNA测序、tRF&tiRNA测序、snoRNA测序、piRNA测序等）、LC-MS tRNA修饰检测、 nrStar™ ncRNA PCR芯片（tRF&tiRNA，tRNA，snoRNA，Functional LncRNA）、miRStar™癌症特异性microRNA PCR芯片、NuRNATM mRNA PCR芯片、功能分类PCR芯片、LncRNA实时定量PCR、环状RNA实时定量PCR、tRF&tiRNA实时定量PCR、microRNA实时定量PCR、mRNA实时定量PCR

【蛋白组学平台】TMT标记定量蛋白组学服务、Lable-free定量蛋白组学服务、磷酸化修饰蛋白组学服务、泛素化修饰蛋白组学服务、N-糖基化修饰蛋白组学服务、乙酰化修饰蛋白组学服务、蛋白-蛋白相互作用组学

【代谢组学】靶向代谢组学、非靶向代谢组学

【外泌体组学】外泌体转录组学、外泌体蛋白质组学、外泌体代谢组学
康成生物为Agilent、Arraystar、Exiqon、Illumina、Qiagen、Thermo Fisher等国际知名品牌提供技术服务。康成客户采用各类技术服务发表的SCI论文已超560篇。康成生物将持续聚焦生命科学发展的挑战，提供有竞争力的产品和服务，持续为客户创造最大价值。

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