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PEAKS® 12.5提升了CPU和GPU的运算速度，新增ZT Scan DIA数据分析功能，DIA数据和分析结果可视化升级，并且优化了hybrid-DIA分析工作流。
新功能
PEAKS® DIA
>CPU和GPU运行速度提升约20%
>支持ZT scan DIA Q1分析，提升灵敏度和准确性
>优化的DIA数据LC/MS可视化优化，用户可通过母离子和碎片离子进行手动谱图校验
Hybrid-PRM/DIA
>工作流升级，提升用户体验，充分利用DIA和PRM方法的强力优势
DeepNovo多肽组工作流
>PEAKS®独有多肽组解决方案，新增个性化等位基因即时训练模型，增强病人样本的鉴定可信度
此外，PEAKS® 12.5还提升了PEAKS® 12中的以下功能：
PEAKS® DIA工作流
>多肽/蛋白定性定量数提升20%
>Hybrid-DIA：发现与靶向驱动的临床蛋白质组学应用
DeepNovo多肽组工作流
>基因信息列表弥合蛋白质组学和基因组学的隔阂
>支持非经典序列数据库分析
>多肽组学非标记定量和质控工具
>兼容DDA和DIA多肽组学数据分析
PRM工作流
>PRM靶向定量分析
>用户可从DIA LFQ结果中直接导出PRM和MRM transition list
非标记定量
>定量结果可直接生成PCA分析图
翻译后修饰和突变分析
从氨基酸水平提升PTM和突变位点的可信度
用户体验、自动化等
>任务分批提交
>数据库验证
>Data Refine筛选特征峰
>自动化导出结果表格
>SVG格式图片导出
>PSM离子列表导出
更快的DIA数据处理
在同样使用GPU时，PEAKS® 12.5 在DIA的数据处理时间上比12 提速了20%。此外，算法经过优化，可以更好地利用CPU资源，从而提高分析速度。
新优化的DIA refine数据
新优化的DIA refine数据
PEAKS®的Data Refine LCMS视图现在为母离子，MS/MS窗口、鉴定和从头测序标签的可视化提供了更多选项。现在很容易区分有或没有母离子的定性结果。有母离子的定性结果用蓝色表示，没有母离子的定性用红色表示。
对于一个给定的肽段，可以在多肽列表和LC/MS视图之间无缝切换。LC/MS视图上可以查看重叠的母离子与其关联的定性结果。单击LCMS图中的定性结果，可以显示每个碎片离子随保留时间的曲线。PEAKS®可以区分重叠母离子与修饰（如脱酰胺）和未修饰肽以及具有不同修饰位点的等质量肽段。
PEAKS® 支持ZT Scan DIA
PEAKS® 12.5 提供对来自SCIEX最新ZT Scan DIA技术的支持。PEAKS®软件整合了ZT Scan DIA的Q1维度信息到打分体系中，提高鉴定的灵敏度，重现性和定量准确性。
PEAKS® Hybrid- PRM/DIA解决方案
Thermo的Hybrid-DIA技术，仅在PEAKS® Studio提供，结合了靶向和发现驱动的方法，使其成为临床蛋白质组学应用的理想选择。
Hybrid-PRM/DIA是一种新的数据采集策略，通过智能触发多并行反应监测（PRM），结合使用实现DIA对临床生物标本进行发现驱动的数字化，可以提高对特定分析集的灵敏度。重标记参考肽被用作PRM和内源性肽监测的触发。
高精度、可扩展的PEAKS® DIA工作流程和全新的hybrid-DIA数据支持
PEAKS® DIA 工作流提供全面的多肽和蛋白质定性定量方案，鉴定率提高了20%。
PEAKS®12在DDA的PTM和SPIDER结果中，可导出包含可信翻译后修饰和突变肽段的谱图库，从而进一步提升DIA数据分析的深度和准确性。hybrid-DIA 工作流目前仅在 PEAKS® Studio 中提供，这是一种结合了发现和靶向验证两种模式的新的采集方法，是临床蛋白质组学研究的理想选择。
DeepNovo Peptidome功能更强大，支持DDA和DIA多肽组数据的定性定量分析
DeepNovo Peptidome 工作流旨在通过基因表信息来填补蛋白质组学和基因组学之间的差异信息。
此功能可实现多肽鉴定与相应基因组数据信息的无缝衔接。PEAKS®12 的DeepNovo Peptidome新工作流支持自定义非经典参考序列库，因此可以鉴定出标准物种数据库匹配不到的突变和修饰肽段。
新版本支持多肽组数据的非标记定量分析，并辅以自动化 QC 工具以确保数据质量和可靠性。
此外，DeepNovo-DIA Peptidome工作流将多肽组分析扩展到了DIA数据，为深度多肽组学研究提供了强大的解决方案，并确保了多肽和蛋白质鉴定的精度。
全新升级的DeepNovo，速度最快、最准确的PEAKS®从头测序
DeepNovo工作流引入最新的GraphNovo算法，实现了重大升级，显著提高了肽段从头测序的准确性和速度。[1]
在GPU的加持下，此次升级利用先进的图形算法来优化多肽鉴定，分析复杂样本时优势尤为明显。配置GPU可以显著提高谱图处理速度，加速数据分析进程。
PEAKS®12首次实现肽段从头测序的FDR质控，更可靠、更准确地控制从头测序结果中的假阳性。强大的新功能使得PEAKS® DeepNovo 成为前沿蛋白质组学研究的有力工具，提供前所未有的多肽和蛋白质鉴定速度和精度。
PEAKS® PRM/hybrid-DIA支持靶向定量分析
PEAKS® 12 新增PRM和hybrid-DIA靶向定量工作流，可以精确、可靠地定量复杂生物样本中的目标肽段。
PRM是在质谱采集时预先设定目标肽段信息的靶向方法，因此即使在存在干扰物质的情况下也能确保准确且高可重现的定量结果。PRM 靶向定量分析可显著提高灵敏度和特异性，已成为深入蛋白质组学研究和生物标志物验证不可或缺的工具。整合PRM工作流后，PEAKS®可以实现高度可信的靶向蛋白质组学绝对定量分析。
更可信的位点鉴定：基于谱图中碎片离子的直接证据提高修饰、突变位点的可信度
PEAKS® PTM（翻译后修饰）和SPIDER（同源突变）分析功能利用强大的算法和综合评估指标，基于氨基酸水平的碎片离子证据提供高精度的修饰、突变肽段位点鉴定，帮助研究人员精确定位蛋白质内的特定修饰和突变位点，从而进一步准确地了解蛋白质的相关功能和调控机制，更深入地了解蛋白质动力学和疾病机制。并且对于推进我们对生物过程的理解和制定有针对性的治疗方案至关重要。
References
Mao, Z., Zhang, R., Xin, L. et al. Mitigating the missing-fragmentation problem in de novo peptide sequencing with a two-stage graph-based deep learning model. Nat Mach Intell 5, 1250–1260 (2023). doi:10.1038/s42256-023-00738-x
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