微生物全基因组分型数据分析软件

Ridom SeqSphere+ 是一款可以用于暴发，抗性，毒力研究和实时监测的微生物基因组学分析软件。cgMLST分析综合MLST分析的可比性及PFGE的分辨力。

一、Ridom SeqSphere+ 特征如下：

1.DNA序列分析工具
使用集成的 SKESA、Velvet、SPAdes 和 BWA 算法组装原始reads (FASTQ)。 读取和分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。 使用 Mash Screen 进行污染检查。 编辑和分析 NGS 和Sanger DNA 序列数据。

2.序列自动分析流程
根据测序质量修剪数据、拼接组装、分析和分型数百个 NGS 数据。

3.细菌表征
使用用户定义的 QC 参数自动进行细菌分型。基于WGS 数据在核心基因组（core genome）和/或附属基因组（accessory genome）水平查找等位基因和 SNP。使用公共分型方案进行基因分型或使用软件集成的cgMLST Target Definer进行自定义分型。 使用 NCBI AMRFinder 进行耐药性预测，使用VFDB数据库进行毒力分析。

4.数据库
从数据库中存储的实验、流行病学和 DNA 序列数据中存储、搜索、检索、导出和创建报告。 数据字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的meta数据要求。 将新的序列条目与存储的数据进行比较。 自动获取可能的暴发提示。 管理和备份所有数据（序列和表型数据）。 从NCBI下载完整基因组或者基因组草图或SRA reads。只需单击一下即可将原始reads和表型数据提交到 EBI ENA。


5.分析工具
在内置 GIS、epi-curve 和系统发育树（支持最小生成树算法等）功能的比较表中可视化地点、时间、“人”和型别等维度。所有维度视图都是相互链接的，并且可以导出可发表格式（SVG 和 EMF）的图表。 将树的着色、拓扑结构和选择的样本存储在比较表快照中。 搜索特定组的 SNP，例如，设计暴发菌株特异性 PCR 筛选试验。

6.用户友好型
无需脚本或者复杂生物信息学技能即可运行数据分析。

7.高度自动化流程
下载预定义的分型方案或基于参考基因组或等位基因库快速创建您自己的方案。 设置组装和分析流程以分析数百个样品，而无需更进一步的用户干预。

8.下载在线分型方案
与他人共享分型方案
可扩展的全球公开可用的cgMLST.org 等位基因命名服务器

二、Ridom SeqSphere+ 微生物NGS分析应用：

1. Core & Accessory基因组多位点序列分型和SNP分析
2. NCBI AMRFinderPlus耐药基因分析
3. 毒力因子分析
4. 大肠杆菌和单增李斯特菌基因组血清分型
5. 金黄色葡萄球菌spa分型
6. De novo 组装 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) 及mapping (BWA)
7. 四维度（地点、时间、人物、型别）互联可视化呈现数据
8. 组特异性的SNPs用于开发特异性的筛选试验
9. 从NCBI下载细菌基因组和 SRA FASTQ及 meta 数据
10. EBI ENA 细菌 FASTQ 数据和 meta 数据上传
11. 新冠病毒SARS-COV2数据分析

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