NEXTflex™ Methyl-Seq 1 Kit用于富集甲基化DNA,进行单端测序、双端测序和多重测序建库,兼容于
Illiumina测序平台。NEXTflex Methyl-Seq Kit运用甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP )或者甲基化CpG 区域捕获(MeCAP)检测DNA甲基化区域,使用者可以非常容易的评估基因组的甲基化水平。
这款试剂盒应用“Enhanced Ligation Adapter Technology ”,优势在于连接步骤中可连接更长的接头并可达到更好的连接效率。利用酶预混液、磁珠纯化等方法简化甲基化检测,可减少测序工作者移液步骤和建库消耗的时间。
产品特点:
- 通过较高的全基因组覆盖率来评估甲基化组水平
- 运用甲基化DNA免疫共沉淀(MeDIP)或者甲基化 CG区域捕获(MeCAP)来富集甲基化片段并建库
- 定量DNA甲基化水平
- 鉴别不同甲基化区域(DMRs)
- 与NEXTflex™ Ligation 一起使用,获得较高的接头连接效率
- 6、12、24、48、96和384重接头为建库提供多种选择
- 采用磁珠纯化的实验方法,无需凝胶电泳
- 匹配多种自动化建库系统
- 多重建库的接头中包含index序列
- 经Illiumina 测序平台验证
多重测序
NEXTflex™ DNA Barcodes 、NEXTflex-96™ DNA Barcodes、NEXTflex-HT Barcodes 与NEXTflex™ Methyl-Seq 1 Kit配合使用,适用于多重建库。这些试剂盒包含indexed序列,改进了多重建库实验流程,样本起始量也可进行灵活的选择。自动化建库允许同时处理96种样本,多达768次反应,这些接头分别有6、12、24、48、96和384重这几种套装。该实验方法可有效的减少实验耗时,获得稳定的实验数据。NEXTflex™ and NEXTflex-96™ DNA Barcodes可用于单端测序、双端测序和多重测序。
产品列表:
货号 |
产品名称 |
规格 |
NOVA-5118-02 |
NEXTFLEX® Methyl Sequencing 1 Kit
|
48 RXNS |
NOVA-514101 |
NEXTflex™ DNA Barcodes - 6
|
48 RXNS |
NOVA-514102 |
NEXTflex™ DNA Barcodes - 12
|
96 RXNS |
NOVA-514103 |
NEXTflex™ DNA Barcodes - 24
|
192 RXNS |
NOVA-514104 |
NEXTflex™ DNA Barcodes - 48
|
384 RXNS |
NOVA-514105 |
NEXTflex™ DNA Barcodes - 96(in 96-well plate)
|
768 RXNS |
NOVA-514106 |
NEXTflex™ DNA Barcodes - 96(in tubes)
|
768 RXNS |
NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit Protocol (option-1)
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NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit Protocol (option-2)
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NEXTflex™ Methyl-Seq Kit 1于Hiseq测序结果
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四种甲基化组测序中,使用MeDIP 和MeCAP两种方法富集甲基化片段,较高的基因组覆盖率使检测到的甲基化胞嘧啶达到87-94%。使用两种不同方法进行DNA甲基化检测时,与体细胞相比,多功能干细胞的覆盖率有很大的不同。
KIT CONTENTS
- NEXTFLEX® Methyl End Repair Buffer Mix
- NEXTFLEX® Methyl End Repair Enzyme Mix
- NEXTFLEX® Methyl Adenylation Mix
- NEXTFLEX® Methyl Ligation Mix
- NEXTFLEX® DNA Adapter (25 µM)
- NEXTFLEX® Primer Mix (12.5 µM)
- NEXTFLEX® Methyl PCR Master Mix
- Nuclease-free Water
- Resuspension Buffer
REQUIRED MATERIALS NOT PROVIDED
- 1 µg of fragmented genomic DNA in up to 40 µL nuclease-free water.
- NEXTFLEX® DNA Barcodes – 6 / 12 / 24 / 48 (Cat # 514101, 514102, 514103, 514104) or NEXTFLEX-96™ DNA Barcodes (Cat # 514106)
- Methylated DNA Enrichment Kit
- Methylated DNA IP Kit (Zymo Research Corp., Cat. # D5101) or
- MethylMiner™ Methylated DNA Enrichment Kit (Life Technologies, Cat. # ME10025)
- Ethanol 100% (room temperature)
- Ethanol 80% (room temperature)
- 96 well PCR Plate Non-skirted (Phenix Research, Cat # MPS-499) / or / similar
- 96 well Library Storage and Pooling Plate (Fisher Scientific, Cat # AB-0765) / or / similar
- Adhesive PCR Plate Seal (BioRad, Cat # MSB1001)
- Agencourt AMPure XP 5 mL (Beckman Coulter Genomics, Cat # A63880)
- Magnetic Stand -96 (Ambion, Cat # AM10027) / or / similar
- Heat block
- Thermocycler
- 2, 10, 20, 200 and 1000 L pipettes / multichannel pipettes
- Nuclease-free barrier pipette tips
- Microcentrifuge
- 1.5 mL nuclease-free microcentrifuge tubes
- Low melt agarose such as Low Gelling Temperature Agarose with a melt point of 65ºC (Boston Bioproducts, Cat # P-730)
- 1X TAE buffer
- Clean razor or scalpel
- SYBR Gold (Invitrogen, Cat # S11494)
- UV transilluminator or gel documentation instrument
- Gel electrophoresis apparatus
- Electrophoresis power supply
- Vortex
NEXTflex Methyl-Seq 1 Kit 部分引用文献
Winans, B., et al. (2015) Linking the Aryl Hydrocarbon Receptor with Altered DNA Methylation Patterns and Developmentally Induced Aberrant Antiviral CD8+ T Cell Responses. The Journal of Immunology.doi: 10.4049/jimmunol.1402044
bio-equip.com
技术服务:
1、DAP-seq:高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点。
2、酵母单杂交:研究
蛋白质和特定
DNA序列相互作用。
3、酵母双杂交:检测已知蛋白质之间的相互作用,鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。
4、EMSA:鉴定或验证DNA结合蛋白和DNA序列的相互作用。
5、ChIP-seq:高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点。
6、DAP-seq与RNA-seq联合分析: 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据,增加转录组测序的分析深度。
7、DNA-pull down:鉴定与DNA结合的蛋白。
欢迎企业和课题组洽谈合作,电话:15632249798(微信同号),QQ:2522026793