被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获试剂盒

被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获试剂盒-研究植物系统分类和进化的利器 Plant Universal — Angiosperms 353

产品概述
myBaits Angiosperms 353是从600种被子植物中，筛选353个单拷贝核基因，作为捕获序列，利用k-medoid聚类法设计靶向捕获探针，生物素化的RNA探针长度120 bp，对被子植物的353个单拷贝核基因进行定向捕获测序。平均每个物种覆盖283个基因，所有被子植物至少覆盖100个直系同源单拷贝核基因。每个物种至少靶向137 kbp，最大捕获区域为250 kbp，另外覆盖了212 kbp的非编码区。

产品特点
低起始量-1 ng-3 μg，推荐100-500 ng
覆盖广-捕获覆盖整个目标序列
兼容性-兼容NGS文库制备，允许多个碱基错配
高精度-近缘和远缘的个体或者种群精准捕获，不引入biases
低投入-节约时间成本和经费成本
高通量-多个文库同一反应进行，每个反应pooling 2-16个样本
通用性-适用于被子植物的系统进化分析，建立DNA条形码

产品应用
系统发生学
进化关系的分析
内含子测序
发现可变区域
DNA Barcoding
对目标序列的富集程度进行评价

基因覆盖效率

Figure 1. Heatmap of Gene Recovery Efficiency. Each row is one sample, and each column is one gene. Colors indicate the percentage of the target length (calculated by the mean length of all k-medoid transcripts for each gene) recovered. Numbers indicate the Input Category (see main text).

解决方案
我们提供的不仅仅是Angiosperms-353产品，而是基于靶向捕获测序技术的基因组学整体解决方案！完整流程：DNA提取→纯度和浓度检测→DNA片段化→测序文库制备→文库质检→杂交捕获→捕获序列富集→PCR产物纯化→PCR产物质检→测序→生物信息学分析。

引用文献
Johnson M. et al. (2018) A universal probe set for targeted sequencing of 353 nuclear genes from any flowering plant designed using k-medoids clustering[J]. Systematic Biology. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy086
Singhal S. et al. (2017) Squamate Conserved Loci (Sq CL): A unified set of conserved loci for phylogenomics and population genetics of squamate reptiles[J]. Molecular ecology resources. doi: 10.1111/1755-0998.12681
Shaffer H B. et al. (2017) Phylogenomic analyses of 539 highly informative loci dates a fully resolved time tree for the major clades of living turtles (Testudines)[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution. doi: 10.1016/j.ympev.2017.07.006

产品列表
Cat.No.                      Description                       Reactions
308108           myBaits Angiosperms 353 v1              8
308148           myBaits Angiosperms 353 v1             48
308196           myBaits Angiosperms 353 v1             96

Arbor Biosciences的其他myBaits^® 捕获试剂盒系列产品
产品概述
myBaits ® target capture kits可以快速的捕获富集目标序列，提高NGS研究项目的效率和成本效益，兼容于Illumina®, Ion Torrent®，PacBio®和Nanopore等所有测序平台。Arbor Biosciences使用oligo合成技术专利，为客户提供高质量、多种规格的探针试剂盒，价格实惠。此外，我们拥有专业的科学家团队，为客户提供免费探针设计、项目开发等技术支持。
产品特点
完全定制化试剂盒 – 富集特定的SNPs，外显子，基因和其他序列motifs
免费探针设计服务 – 精准的高效测序探针设计
即用型试剂盒 – 可即刻装运寄出
测序平台兼容性 – 兼容于大部分的NGS文库制备体系
简化的实验流程 – 有无相关技术背景的客户均适用
完整的实验用组分 – 试剂盒中包含探针以及用于杂交和洗涤的试剂
应用
• 农业基因组学
• 高通量基因分型
• 系统发育
• 外显子测序
• 古生物学/古DNA
• 宏基因组学
• 病原体基因组学
• 长插入片段捕获 - PacBio和Oxford Nanopore

myBaits Custom
myBaits ® 定制试剂盒可为任何物种、任何规模的实验项目提供NGS杂交捕获panel。客户根据特异性和对目标序列的杂交灵敏度来选择探针。myBaits试剂盒已成功地应用到广泛的目标生物中，如动物、植物和微生物，样本可以来源于新鲜DNA、降解DNA和环境DNA。
本试剂盒能够帮助实验者容易的评估出适用于NGS的任何类型的遗传特征，如点突变，拷贝数变异(CNV)，大/小片段插入缺失等等。此外，目标序列捕获适用于任何类型标本的捕获，甚至是非常短的、已降解的样本，如古DNA、法医DNA或cell-free DNA。myBaits定制目标捕获试剂盒兼容所有主要的NGS平台(Illumina®,Ion Torrent®,PacBio® Nanopore®),并且同一个探针套装在短测序和长测序中皆适用。
产品特点
设计简便 – 可以以任何来源核酸设计探针 - 基因组，转录组，SNPs
科学家团队 – 来自专家团队的免费探针设计与项目技术支持
试剂盒规格无限制 – Panel 和试剂盒规格可以适应任何规模的项目
成本较低 – 与个人设计探针相比，具有价格优势
完整的实验用组分 – 试剂盒中包含探针以及用于杂交和洗涤的试剂
产品列表  (其他规格详见arborbiosci.com)
Cat. No.                              Description                             Reactions
300116                Designs with 1-20K baits (~1Mb)                  16
300148                Designs with 1-20K baits (~1Mb)                  48
300516                Designs with 80-100K baits (~5Mb)               16
300548                Designs with 80-100K baits (~5Mb)               48
301016                Designs with 180-200K baits (~10Mb)            16
301048                Designs with 180-200K baits (~10Mb)            48

myBaits UCE
超保守元件（UCEs）是高度保守的基因组区域，在其侧翼有很多可变序列。因为许多基因组区域在大的分类范围内共享，在新物种和非模式物种的研究方面，这些关键区域作为系统发育的理想目标捕获候选区域已被定义和开发。Arbor Biosciences为各种分类学类群提供一系列即用型UCE探针，包括脊椎动物、昆虫和植物中鉴定出的类似的保守直系同源基因(COS)位点。

BLAST 鸡、人类、老鼠和青蛙基因组中，四足动物5K UCE基因位点的比对。每个碱基的颜色是由相似度决定的(深=高，浅=低)。中部UCE区域的相似度，明显不同于与其直接相邻的基因组侧翼的相似度。
即用型PANELS
• 膜翅目昆虫 1.5K v1和2.5K v2
• 四足动物 5K v1和2.5K v1
• 鳍鱼(辐鳍鱼亚目) 0.5K v1
• 蛛形纲 1.1K v1
• 菊科 COS 1K v1
• 新panels咨询
产品列表（其他产品可联系我们400-618-7099）
Cat. No.                           Description                              Reactions
305008     myBaits UCE Actinopterygians 0.5Kv1              8
305048             myBaits UCE Actinopterygians 0.5Kv1             48
305096             myBaits UCE Actinopterygians 0.5Kv1             96
305108             myBaits UCE Arachnida 1.1Kv1                        8
305148             myBaits UCE Arachnida 1.1Kv1                       48
305196             myBaits UCE Arachnida 1.1Kv1                       96
305308             myBaits UCE Hymenoptera 1.5Kv1                  8
305348             myBaits UCE Hymenoptera 1.5Kv1                 48
305396             myBaits UCE Hymenoptera 1.5Kv1                 96

myBaits WGE
全基因组富集(WGE)是指从复杂的DNA样本中捕获全基因组DNA。Arbor Biosciences的WGE探针生产技术可低成本地生产生物素化的RNA探针，代表整个核基因组。这样可从复杂环境(如环境DNA或古DNA)中大量富集基因组内源性DNA。生产定制WGE探针要求提供目标生物或者与其相近物种的高质量基因组DNA样本，即使此基因组未测序也可以定制探针。
产品列表
Cat. No.                       Description                    Reactions
302016                 myBaits WGE Custom                  16
302048                 myBaits WGE Custom                  48
302096                 myBaits WGE Custom                  96
302508                 myBaits WGE Human                    8
302548                 myBaits WGE Human                   48
302596                 myBaits WGE Human                   96

myBaits Mito
线粒体DNA(mtDNA)测序常见应用于系统遗传学、种群遗传学、物种鉴定等领域。由于每个细胞内mtDNA的内源性拷贝数较高，在各种样本中有较好的复原性。来自Arbor Biosciences 的myBaits Mito panel为即用型设计探针，提供探针长度、tiling密度和探针浓度等参数，适合于从任何类型的样本中富集完整的mtDNA序列，无论是新鲜样本、农业样本、复杂环境样本、法医样本、古代样本还是档案样本。myBaits Mito panels的应用涵盖了各类生物，包括与考古或法医研究高度相关的生物，如人类、狗、马、羊等等。
产品特点
即用型 Panels – 性能优化，可直接得到实验结果
简化的实验流程 – 有无相关技术背景的客户均适用
广泛的可选性 – 为多重物种研究提供预混且匹配的panels
可扩展性 – 与定制探针相结合，提供灵活的panel类型选择

产品列表
Cat. No.            Description          Reactions
303008           myBaits Mito kit            8
303048           myBaits Mito kit           48
303096           myBaits Mito kit           96

304016              myBaits Onconome           16
304048              myBaits Onconome           48
304096              myBaits Onconome           96

308616           myBaits 16S-Hyb Panel      16
308648           myBaits 16S-Hyb Panel      48
308696           myBaits 16S-Hyb Panel      96

技术服务：
1、DAP-seq：高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点。
2、酵母单杂交：研究蛋白质和特定DNA序列相互作用。
3、酵母双杂交：检测已知蛋白质之间的相互作用，鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。
4、EMSA：鉴定或验证DNA结合蛋白和DNA序列的相互作用。
5、ChIP-seq：高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点。
6、DAP-seq与RNA-seq联合分析： 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据，增加转录组测序的分析深度。
7、DNA-pull down：鉴定与DNA结合的蛋白。
欢迎企业和课题组洽谈合作，电话：15632249798（微信同号），QQ：2522026793