被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获测序

蓝景科信将探针杂交捕获技术和NGS技术结合，提供被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获测序服务。为研究被子植物的系统进化和分类、植物适应性机制、种群进化历史、种群的结构、基因渗透和漂移提供高效的整体解决方案。靶向捕获测序技术服务，使用生物素化的探针，捕获被子植物353个单拷贝核基因。您可以提供新鲜植物样本，腊叶标本或者古老的博物馆标本，我们负责DNA提取、文库构建、靶向捕获、测序和数据分析。

技术特点：

• 捕获效率高，覆盖范围广，对被子植物的353个单拷贝核基因进行定向捕获测序
• 适用多种样本类型，节约时间成本和经费成本

应用领域：

• 系统发育学
• 群体遗传学
• 古遗传学
• 侧翼区捕获
• 内含子测序
• DNA Barcoding

实验技术流程：


生信分析流程：

实验数据：

Fig 1. Heatmap of Gene Recovery Efficiency. Each row is one sample, and each column is one gene. Colors indicate the percentage of the target length (calculated by the mean length of all k-medoid transcripts for each gene) recovered.

Fig 2. Total Length of Sequence Recovery for Both Coding and Non-coding Regions Across 353 Loci for 42 Angiosperm Species. Reads were mapped back to either coding sequence (yellow) or coding sequence plus flanking non-coding (i.e. intron) sequence (purple)… The total length of coding sequence targeted was 260,802 bp. The median recovery of coding sequence was 137,046 bp and the median amount of non-coding sequence recovered was 216,816 bp (with at least 8x depth of coverage).

参考文献：

Johnson MG, Pokorny L, Dodsworth S, Botigué LR, Cowan RS, Devault A, Eiserhardt WL, Epitawalage N, Forest F, Kim JT, Leebens-Mack JH, Leitch IJ, Maurin O, Soltis DE, Soltis PS, Wong GK, Baker WJ, Wickett NJ. A Universal Probe Set for Targeted Sequencing of 353 Nuclear Genes from Any Flowering Plant Designed Using k-Medoids Clustering. Syst Biol. 2019. 68(4):594-606. doi: 10.1093/sysbio/syy086.

蓝景科信为您提供被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获测序全流程技术服务和个性化数据分析，及基于靶向捕获测序技术的基因组整体解决方案。欢迎咨询！

技术服务：
1、DAP-seq：高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点。
2、酵母单杂交：研究蛋白质和特定DNA序列相互作用。
3、酵母双杂交：检测已知蛋白质之间的相互作用，鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。
4、EMSA：鉴定或验证DNA结合蛋白和DNA序列的相互作用。
5、ChIP-seq：高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点。
6、DAP-seq与RNA-seq联合分析： 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据，增加转录组测序的分析深度。
7、DNA-pull down：鉴定与DNA结合的蛋白。
欢迎企业和课题组洽谈合作，电话：15632249798（微信同号），QQ：2522026793