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Chromium系统还可以提供前所未有的高效单细胞测序完整解决方案。可低成本的实现从细胞悬液到转录组测序数据的获取及解读。
Chromium系统是10x Genomics公司的最新产品，和该公司前一代产品GemCode相比，微反应体系数量提升至一百万个，标签数量提升至四百万种。该系统能同时将基因组分析，外显子分析和单细胞转录组分析三种应用集成在同一个系统上。Chromium系统特有的Linked Reads技术可以带来Mb级的测序长度和超低成本的高通量单细胞转录组测序。
Chromium系统可以将细胞或任意长度的DNA分子分配到一百万个独立的微反应体系中。每个微反应体系中的DNA片段都会获得唯一的分子标签。
Chromium系统产生的文库可以在Illumina全系列平台上完成基因测序。实验和分析流程可以和Illumina系统无缝衔接。
Linked Reads长读长（10K-100K）测序可以在全基因组范围内进行染色体定相（phasing）和结构变异的研究，该技术是发现遗传疾病中的重要变异和癌症基因组中关键变化的突破性手段。Chromium系统只需要1ng基因组DNA，就可获得10MB以上的单倍型块（haplotype blocks），实现对定相突变（phasing mutation）和结构变异的分析。Chromium系统同时提供基于强大算法的分析软件，可以对插入缺失，拷贝数变化，染色体倒位、易位和重复等多种类型的结构变异进行分析并呈现可视化结果。
Chromium系统还可以提供前所未有的高效单细胞测序完整解决方案。可低成本的实现从细胞悬液到转录组测序数据的获取及解读。Chromium系统可以在10分钟内完成48000个细胞的分离和标记，通过Linked Reads技术可以的同时得到每个被测细胞的独立转录组的转录组信息。
