solexa/454大规模测序数据分析

      Illumina/Solexa Genome Analyzer平台及罗氏诊断公司推出Genome Sequencer FLX System (GS FLX)平台作为第二代基因组测序系统，在技术上大有取代传统生物芯片的趋势。目前主要有三种应用：一是ChIP-seq是ChIP-chip的升级版，其精确度和敏感度高。二是RNA-Seq，该技术会在一两年内取代expression microarray作为标准的测量基因表达的技术。还有一个是SNP discovery，我们认为也会很快取代genotyping array成为标准的SNP检测技术。

由于Solexa/454平台产生海量的数据，对后续的生物信息学分析提出了更高的要求，针对这一趋势，本公司利用R语言平台及Matlab平台，开发了一套针对大规模测序平台的数据分析系统，现在可以为客户提供如下分析高级分析服务：

• 与miRNAs数据库(miRBase)进行比对
• 将reads定位到基因组，并发掘其在染色体上的分布
• 通过与ESTs和/或 mRNAs的比对鉴定候选siRNA
• 通过生物信息学方法鉴定新的候选miRNAs
• 对sRNA进行归类
• sRNA的跨物种保守性
• 预测miRNAs的候选靶向位点
• 构建不同样品的sRNA表达谱
• RNA editing
• Seed seq distribution
• Viral miRNA mapping
• Bidirection-microRNA hunting

具体业务包括：

-基因芯片：表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、甲基化芯片、Exon芯片、Tilling芯片、lncRNA芯片等实验及数据分析

- 高通量测序：miRNA测序、mRNA测序、基因组重测序、甲基化测序、ChIP-Seq等实验及数据分析

-蛋白质组学：蛋白质芯片（SELDI）、细胞因子芯片、ITRAQ、Shotgun Proteomics、DIGE-2D等

- 代谢组学：液质联用（LC-MS）、气质联用（GC-MS）及核磁共振（NMR）的实验及数据分析

- 文献挖掘：提供基于pubmed数据库的关键词搜索服务

- 生物信息培训：定期举办综合性生物信息培训班，并提供上门培训服务及随到随学班

u 专利代理：提供生命科学领域的专利写作、专利润色及专利申请服务

- 实验服务：引物设计、RT-PCR、3730测序、Western Blot、2D-MS等

    目前，公司国内外客户已超过500家，合作发表了50多篇高影响因子的SCI(影响因子累计超过100分)，并参与多项国家科研项目的申请与实施。