English | 中文版 | 手机版 企业登录 | 个人登录 | 邮件订阅
当前位置 > 首页 > 行业资讯 > 新品 > 关注临床应用,454推出HLA分型检测研究产品

关注临床应用,454推出HLA分型检测研究产品

浏览次数:3407 发布日期:2011-5-5  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
                  关注临床应用,454推出HLA分型检测研究产品                               
—Julia Karow,2011-4
      
        2011-4,Roche 旗下454生命科学推出了高分辨率和中等分辨率的HLA基因分型试剂盒。
       人类白细胞抗原(HLA)所在位点编码超过200个基因,在免疫系统中有着关键作用。HLA具有高度多态性,包括约6000个已知的等位基因。HLA基因型与自身免疫、传染疾病以及一些癌症都有联系,此外HLA分型对器官移植中的供体和受体配型也有重要作用。
        454的两套试剂盒,即GS  GType HLA MR 和 HR,目前只能用于研究。它们是454分析系列计划里第一个应用于疾病领域的产品,未来产品系列中还将包括免疫遗传学、传染病以及癌症。
        据公司介绍,相对于传统的Sanger法测序,基于454测序技术平台的HLA分型,拥有更高的通量,每次运行(run)可平行处理5-80个样品;以及可以精确的对目的外显子区域进行高覆盖度的测序,从而得到样本间的多态性数据,从而节省了时间和劳力。      
        454 CEO Chris McLeod指出,HLA分型仅在疾病研究中就“大有作为”,在法医、群体遗传学等其它领域,也有发展潜力。他提到,目前的分辨率水平对于许多研究应用都是非常有益的,今后要做的就是在这个基础上开发有潜力的注册产品,应用于临床。
        Roche公司还未宣布何时计划向美国食品和药物部门提交应用申请,但是,Chris McLeod 也指出旨在提交的测序平台及其分析的申请也是基于现行的研究版本。许多HLA分型的临床应用中,分析的分辨率都要求比现在的更高。临床上的测序平台“不会是全新的,”而是当前最稳定的。
        McLeod指出目前临床HLA分型主要是Sanger 测序法,虽然还没有注册的诊断产品存在,但对于454也是个“目标市场”。
        上个月,Life Technologies宣布已开始使用一款Sanger 毛细血管测序仪即3500 Dx遗传分析仪进行了HLA分型的临床试验,并计划向FDA(CSN 3/22/2011)申请510(k)平台空间及分析试剂盒。
        McLeod指出临床HLA检测将会是454的市场,“在这个领域,我们比Sanger 测序有着显著的优势。”与其它的二代测序平台相比,454相对的长读长对准确确定等位基因相位更有用。“由于其它平台的读长不足够长,因此实际中他们需要做许多工作,”他说。454和罗氏与合作研究者已进行了HLA分析检测,并于上个月在Tissue Antigens公布了研究结果,其中合作机构包括斯坦福大学、德国德累斯顿技术大学、费城儿童医院、奥地利红十字输血服务、奥克兰儿童医院和研究中心以及德国凯撒斯劳滕免疫及遗传学协会。
        奥克兰儿童医院和研究中心HLA & Immunogenetics实验室负责人,也是文章作者之一,Elizabeth Trachtenberg 谈到454平台一个主要优势,就是减少等位基因杂合子对计算多态性频率的影响。而使用 Sanger 测序,“我们必须做许多补充测验去解决这些模糊的杂合子组合,而这个新的克隆法测序大大简化了该问题,”她这样告诉Clinical Sequencing News,“ 我们至少要花费四分之一的时间去解决含糊性,而454平台确实给HLA临床试验提供了很大的帮助”。 每个样品的成本也“明显少于Sanger测序法,”她补充到,因为许多样品可以平行操作,同时模糊性被降低,尽管她还没有完全精确计算成本,目前她的实验室每次同时进行40个样品11个位点的测序。
        可以肯定的是,虽然Trachtenberg的 454 GS FLX是在CLIA实验室运行,但它不是用于临床工作而仅是疾病研究。“但是随着时间推移,我们将来会把它应用于临床试验和处理病人样品,”她说,甚至可能在FDA同意454仪器之前。倘若不能使用罗氏的试剂盒进行临床研究,她可能自己研发试剂。
 
        两年前,一些HLA检测实验室一直怀疑使用454平台进行临床HLA分型,复杂且工作量大的样本准备,读长有限而不能进行外显子之间的多态性分析,此外还需要在一次运行中集合许多样本,以使得分析在成本上更高效(IS 3/17/2009)。
        McLeod表明,公司已和使用者合作研究液态控制系统,自动化准备样本。此外,两年前引入 Titanium chemistry技术后,读长增至约400 bp。最后还引入GS  Juinor,单次运行需要准备的样品数目也减少了。
        每个454的HLA分析研究都包括一个用于PCR扩增的引物,可同时扩增多达10个HLA基因的1-3个外显子,以及纠错软件和优化测序数据的第三方软件。试剂盒提供4块含干粉引物的PCR微量滴定板,每个可用于10个样品测定。10个样品进行中等分辨率分析需要一个板,而高分辨率分析则要求两块板。
        无论GS FLX或GS junior, PCR扩增子都是可直接对接454测序样品准备的工作流程中。对于中等分辨率,GS FLX 每次可进行80个样品的分析,GS junior每次可进行10个样品的分析。对于高分辨率, FLX 每次可分析40个样品的, Junior每次可分析5个样品。
         除了HLA检验,454还有一些其他的靶位测序分析的发展空间,Mcleod表示454将会在人类健康护理方面有很大作用,包括许多特殊疾病。每一种都将由一套优化的引物和软件组成。454计划这些疾病相关的检测将定期发布,约每3到6个月推出一次,其中许多检测将来在临床环境下非常有潜力。
 
更多454 HLA 产品 信息请点击:
http://454.com/products-solutions/assays/gs-gtype-hla.asp
 


用户名: 密码: 匿名 快速注册 忘记密码
评论只代表网友观点,不代表本站观点。 请输入验证码: 8795
Copyright(C) 1998-2025 生物器材网 电话:021-64166852;13621656896 E-mail:info@bio-equip.com