美国Noble发布根系分析软件-RhizoVision Explorer

美国Noble研究所的年轻科学家Larry York近期发布了一款免费、开源的根系分析软件——RhizoVision Explorer。该软件有望实现根系图像中根与背景形成高对比度、照明均匀以及根系重叠最小化的远景。该软件内置C ++，可以提高速度和稳定性，以QT为图形用户界面，以OpenCV进行图像处理。
 

通过使用一个物理铜线地面真实图像集、数千个模拟根以及与其他图像分析软件的比较，RhizoVision Explorer提取的性状已经得到广泛验证。默认的“断根”模式是指从土壤或花盆中断开的根系获取长度、体积、分枝频率等特征，并根据直径阈值存储测量值。“全根”模式能够提取较为完整根系的其他结构特征，尤其是挖出的根冠或根茎，例如凸包，角和孔。该软件支持多个根系部位、批处理和用户自定义重叠功能已处理图像的导出。

最低要求：Windows 10或8操作系统、Intel或AMD x86_64处理器和8GB内存。如果处理器支持Intel AVX 2.0，则代码将得到优化。

许可：您可以根据Noble通用公共许可证重新分配或修改它。
 

源代码：源代码可在GitHub上获得。

引用：软件开发者恳请您在演示和出版物中引用该软件时，请使用DOI表示可重复使用的版本。

Seethepalli，Anand，＆York，Larry M.（2020年）。RhizoVision Explorer-面向所有人的通用根图像分析交互式软件（版本2.0.2）。Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.4095629。

请考虑在可公开访问的存储库中共享您的数据集、统计分析代码，甚至用于RhizoVision Explorer的设置文件，例如Zenodo，DataDryad，Figshare，CyVerse Data Commons或其他。

安装程序：下载下面的RhizoVisionExplorer-2.0.2-windows-x64.zip并将zip文件解压缩到本地目录并运行RhizoVisionExplorer.exe. Windows Defender或其他应用程序可能会提示您确认应用程序的安全性。

插图手册以PDF格式包含在RVE下载的manual文件夹中。

Imageexamples文件夹包括用RhizoVision Crown平台拍摄的小麦根冠PNG文件和扫描断开的小麦根系JPG文件，以供测试之用。

如果有任何疑问或意见，请联系创作者：

Anand Seethepalli

计算机视觉分析师

aseethepalli@noble.org

anand_seethepalli@yahoo.co.in

Larry M. York
Assistant Professor
lmyork@noble.org

下载链接：

ARhizoVisionExplorer-Screenshot.PNG

RhizoVisionExplorer-2.0.2-windows-x64.zip