GS Junior及NimbleGen用于结直肠腺癌基因突变分析

浏览次数：3314　发布日期：2012-6-19　来源：本站　本站原创，转载请注明出处

454 GS Junior及NimbleGen序列捕获用于结直肠腺癌相关基因突变热点分析

美国一研究小组最近开始将GS Junior测序仪用于结直肠腺癌相关基因突变的图谱分析，以试水该方法可为癌症个性化治疗带来的价值。该项目的开展证明这一方法将来用于临床诊断的潜力以及可行性，与该项目相关的网络视频讲座已经由Science杂志以及Roche共同举办。 454 GS Junior及NimbleGen序列捕获用于结直肠腺癌相关基因突变热点分析

在此项前期试验后，该研究小组将于2012年7月在一医院的实验室内建立GS Junior平台，及测序Panel用于临床应用。对于GS Junior脱颖而出成为该项目测序平台，一个重要因素是GS Junior测序结果简单的生物信息学分析需求。

目前，由FDA批准的癌症伴随诊断(companion diagnostics)局限于原位杂交，免疫组化实验，实时PCR或者Sanger测序。而将来二代测序极有希望综合所有这些实验结果。利用二代测序的高通量，可以同时获得大量突变的复杂特征，有助于选择治疗方法的组合，或显示肿瘤的异质性、复杂性。

该项目主要检测结直肠腺癌相关的51个基因的275个外显子，这些都是这类癌症的突变热点，已有现存的伴随诊断、医疗指引以及临床诊断实验，对于医疗有直接价值。比如EGF受体家族信号通路中的KRAS, BRAF, NRAS, PIK3CA基因突变，可以预测抗EGF受体药物的疗效。此外还包括了4个DNA错配修复基因MLH1, PMS2, MSH2及MSH6，这些基因与Lynch综合症，一种遗传性非息肉型结直肠癌相关。这些基因是诊断Lynch综合症的重要指标之一。虽然不能完全代替肿瘤组织的直接诊断结果，但这些基因突变的信息可以作为非常有用的预筛参考。这个Panel中其他的常见结直肠癌相关基因还包括P53, APC及RET。相比外显子组测序，这种定向测序方法可以获得更高的测序深度，更加灵敏地检测突变，获得可以用于医疗的信息，而不仅仅停留于获得测序序列。

实验方法上，首先使用了Roche NimbleGen的液相序列捕获，结合454 GS Junior测序。对于FFPE样本，可以进行200bp的测序，而新鲜组织样本可以进行400-450bp测序。GS Junior的长读长，更接近于Sanger测序方法的读长，使序列信息更容易获得，其简单的生物信息学分析，是454 GS Junior将来用于临床的一个突出优势。另外的考量因素还包括这一平台样本制备过程的可自动化性。454目前正在加快研发步伐，推动从样本制备到悬滴PCR过程的自动化操作。

将来这个panel也可对不同部位采取的样本检测，用于了解肿瘤组织的异质性，实验报告周期目前是一周，恰好满足临床病人在术后到化疗开始的间期。如果实现自动化样本制备，可以加快报告周期。

将前期的实验结果与传统方法比较，除了发现了很好地一致性，同时也发现了其中一个样本在蛋白水平以及DNA水平的差异，提示表观遗传学改变也是癌症的重要组成部分。

二代测序将来极有希望成为癌症诊断的方法之一，结合病理报告，可以提供包括突变特征、通路激活、药物靶点选择、肿瘤异质性的综合信息，帮助更好地实现肿瘤个性化治疗。

【点击可查看罗氏诊断产品（上海）有限公司相关产品】

分享到：QQ空间新浪微博腾讯微博微信

【所有新闻】【本类新闻】【相关产品】【关闭窗口】