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研究人员应用454 Sequencing System 对禽流感进行快速测序

浏览次数:4289 发布日期:2009-3-4  来源:本站 本站原创,转载请注明出处

德国Institute of Diagnostic Virology, Friedrich-Loeffler-Institute Insel Riems 的一组研究人员最近开发了一种简便快捷的用于Genome Sequencer FLX system 测序的人禽流感样本制备方法。

H5N1 亚型高致病性禽流感病毒(HPAIV)作为一种潜在流行威胁已经引起了全球的关注,该病毒已经导致数百万禽类死亡,并且大量病例报道该病毒已经引起致命的人类感染。病毒变异引起的致病性增强,意味着病毒对人类健康的威胁日益增加,这就要求发展出一种快速可靠的方法对
病毒突变进行深入详尽的测序分析。Höper 及其他研究人员(1)设计了一种简便灵敏的方法用于从HPAIV H5N1 RNA 样品中制备测序文库用于Genome Sequencer FLX instrument 测序。该方法将高通量454 测序技术完美的整合进分析过程,并且只需用到标准PCR 技术、制备Genome SequencerFLX 样本及测序相关仪器,而无需其它仪器或分子生物学技术。

根据作者描述,该方法是第一种公开发布的使用Genome Sequencer FLX 对人源样本的HPAIV H5N1 全基因组进行测序的方法。使用GS FLX System 对鸟枪文库进行大量的平行测序能够在一次检测过程中生成多达500Mb 的原始序列数据。测序数据极大的覆盖深度使得多个独立读数能够代表每一个核苷酸。

Dirk Höper 谈到 “该方法不仅毫不逊色于常规测序技术,而且胜过了先前对禽流感病毒红血球凝集素基因诊断相关位点的Single-read 测序结果”。“我们的方法能够对从常规样品中获取的HPAIV H5N1 全基因组进行测序,既不用对病毒在蛋或细胞培养基中进行培养,也无需克隆扩增cDNA。该方法能够在3 天之内对多达8 个病毒全基因组进行测序,而且测序方法的深度也保证了测序结果的可靠性。该方法具有与常规诊断方法相整合的潜能。”该方法能够简便的用于不同HPAIV 亚类的检测,能够对病毒基因组全长进行测序。

“高度准确及快速检测的特性使得454 测序技术成为医学应用领域中理想的诊断手段。该项研究证明了我们的技术在未来的病毒学诊断应用领域中的巨大潜力。”454Life Science 主席及CEO Chris McLeod 说到。

作为罗氏应用科学卓越成员的454 Life Sciences 公司,研究发展了用于超高通量DNA 测序的创新454 测序系统并将其推向市场。其应用领域包括对基因组进行重测序及再测序,宏基因组学、RNA 分析以及目标DNA 区域测序。454 测序系统的特点在于其简便一致的样品制备方法,以及包括paired-end 读取在内的高度准确的长测序结果。454 测序系统能够满足不同领域的数百种同行评审研究需要,包括癌症及感染疾病研究、药物发现、海洋生物学、人类学、古生物学以及更多领域的研究。更多信息,请查看http:///。



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