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罗氏旗下454生命科学推出GS FLX Titanium系列试剂有效取代传统的Sanger测序

浏览次数:3913 发布日期:2008-12-30  来源:本站 本站原创,转载请注明出处
罗氏旗下454生命科学公司宣布推出全新的GS FLX Titanium系列试剂和软件,它们将改变生命科学行业。利用新的试剂,升级的Q20单个序列读长达到400个碱基对(即第400个碱基的准确率也高达99%,前面的碱基准确率更高);通量提高5倍,达到每轮运行能获得4-6亿个碱基对序列。产品性能提升到新高度,进一步巩固了454生命科学公司在测序领域作为金标准的地位,在大多数应用中有效取代了传统的Sanger测序法。

北美多个主流基因组研究中心增加该仪器的配置数量正是响应仪器性能提升的结果。贝勒医学院是第一个安装了10台Genome Sequencer FLX仪器的机构,圣路易斯的华盛顿大学紧随其后也立刻将FLX增加至8台。麻省理工大学和哈佛大学合作的Broad研究院目前的仪器数量是10台,联合基因组研究院(Joint Genome Institute)也增至8台FLX。

首批GS FLX Titanium系列试剂盒在今年早期运送至这些基因组中心以进行测试和评估。针对这些试剂和软件表现的反馈意见都非常满意,充分肯定了新系统的强大实力。实际上,几个主要的基因组中心已经将GS FLX Titanium试剂运用于生产中。贝勒医学院人类基因组测序中心的主管Richard Gibbs教授表示:“我们很高兴能第一个优先使用GS FLX Titanium试剂,也非常满意----新试剂的性能与454承诺的一样好。新的试剂有效取代了Sanger测序,因此我们正将其应用到我们中心10台GS FLX仪器上。”

麻省理工大学和哈佛大学联合的Broad研究院的基因组生物计划也是新试剂的早期用户之一。该计划的联合主管Chad Nusbaum博士如此评价:“我们对新的GS FLXTitanium试剂系列的潜能非常乐观,它能降低费用并提高测序质量。这个系统将有助于我们扩展研究范围,实施以前觉得成本过于昂贵的项目。我们正在开发新方法来充分利用这个全新的长达400个碱基对的序列读长能力,尤其是用于大型基因组的重新拼接。”

“我们用长的GS FLX Titanium序列读长能力来对果蝇进行拼接,效果也非常好。利用454生命科学独特的3K和20K配对末端读序法,我们的N50 contig长度达到30-50kb,N50 scaffold的大小也超过3 Mb, 基因组的序列覆盖度为12倍。”贝勒医学院人类基因组测序中心的助理教授Stephen Richards博士表示, “与对照的果蝇基因组相比,这个结果非常好,说明GS FLX Titanium系列读长至少相当于Sanger读长的8倍,
而速度却快得多,费用也少了一个数量级。”

Broad研究院测序部门的主管Rob Nicol博士补充道,“除了长达400bp的序列读长和更高的测序读长密度,新Titanium系列的改进有助于开发更高效、更高通量的工作流程,以应用于大规模测序工作中----例如人类微生物组计划(HMP)中的微生物全基因组测序。GS FLX Titanium系列的高效步骤让我们简化了工作流程,大大缩短了从样品到数据再到结果的时间。”

为GS FLX Titanium系列试剂的推出作准备,更多的客户应邀参与了早期试用计划。克莱格凡特研究院(J. Craig Venter Institute, JCVI)核心技术开发与服务的副总裁Yu-Hui Rogers博士表示,“我们用GS FLX Titanium系列试剂进行的初期验证结果是非常令人鼓舞。一旦这些试剂推出,序列读长和产能的提升将促使我们立即将新产品投入使用。新的试剂,以及从不同大小的插入片段文库中获得配对末端序列读长的能力,将大大提升454系统在JCVI几个重要测序应用中的作用,包括人类重测序和代谢基因组测序。”

454生命科学的CEO兼总裁Chris McLeod表示:“我们很高兴能为迅速扩大的客户群提供GS FLX Titanium系列试剂。GS FLX系统正迅速成为DNA测序的金标准,它与传统的Sanger测序和许多所谓的微读长技术相比,性能、准确性、价格的优势显而易见。”

无需对仪器的硬件做任何改动,仅仅改进试剂和软件,就能实现技术性能提升。因此,目前使用GS FLX仪器的客户不需要任何昂贵的仪器升级,即可利用和享受到这些改进。454生命科学研发部的副总裁Michael Egholm认为:“我们很自豪能为科学家提供这样卓越的性能升级。联合基因组研究院现在单次运行就能得到超过6.5亿个碱基。我们的平台能让科学家迅速获得有意义的结果,这一点从顶级学术期刊发表文章的惊人比例中也能看出。新的GS FLX Titanium系列试剂无以伦比的性能提升已经被市场认可,而毛细管测序仪正慢慢地被淘汰,客户也逐渐转向454测序平台。”


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