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环状RNA研究方法——助你快速发表5分以上文章
点击次数:460 发布日期:2018-11-6  来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负

至2015起云序生物已经完成10000+例环状RNA全转录组测序服务,涵盖了50+疾病,20+物种,帮助众多客户在环状RNA分子的研究中取得突破性进展。客户发表的环状RNA文章高达20篇以上。此外云序生物还提供环状RNA机制研究手段,rip&RNA pull down技术,帮助客户冲刺高分机制文章。本周小编来讲讲云序生物客户利用全转录组测序如何又快速发表了一篇5分以上的文章(前期讲述了好多篇环状RNA测序直接发表5分的文章的案例,感兴趣的伙伴可以点击往期的链接)。 

 

研究背景:
作为非编码分子的重要成员,环状RNA分子在多种疾病生理学过程当中都扮演着重要的角色。这一次对于环状RNA分子的研究聚焦在了电离辐射对细胞的影响。说起电离辐射,其实在我们的生活中微量辐射几乎无处不在,土壤中有天然辐射源氡气,体检的时候使用的X射线机等等。要知道肠上皮细胞对(intestinal epithelium)电离放射是高度敏感的,腹部或者盆腔肿瘤病人在接受放放射治疗后都会引起放射毒性造成的肠道损伤。那么问题来了,放射引起的肠道损伤较正常的肠道细胞,环状RNA分子这一次是如何变化的?差异性的环状分子功能如何?且听小编慢慢的为您解读这篇文章。

实验设计:
整个实验设计为对照组和照射处理组(实验组),每组三个生物学重复。其中对照组为正常野生型小鼠,实验组小鼠使用Cs137gamma光放射仪以恒定计量进行照射,3.5天后取两组小鼠空肠组织提取RNA。

图1. 技术路线图


研究内容:
1. 环状RNA表达如何?差异表达的有哪些呢?
高质量的测序服务,专业的生信分析,云序生物让环状研究变得容易,这是一条广告。高质量的测序技术对每一个环状的表达都做到精准检测,生信分析可视化从宏观角度(染色体分布、成环位置)给出了所有对于放射处理后在小鼠空肠组织当中环状RNA分子的表达情况。

 

                                                                                                   图2. 放射处理后小鼠空肠组织环状RNA表达情况


在此基础上,哪些环状RNA分子发生了差异表达?在这里火山图、Venn图应有尽有。根据p<=0.05和FC>=2的标准,一共发现42个环状发生上调,47个环状发生下调。

 

图3. 差异环状RNA的筛选


2. 差异环状RNA分子的qPCR验证
对于一篇做谱的文章,差异环状RNA的结果验证只需做到qPCR即可。对5个上调和5个下调的环状RNA分子低通量qPCR结果和高通量的测序结果一致。

 

图4. 差异RNA分子的qPCR验证


3. 差异表达的环状RNA分子功能预测
GO分析和Pathway分析作为功能预测当中必不可少的一部分也被涵盖在本研究当中,包括结合、催化、细胞因子和细胞分泌等GO条目均发生富集。KEGG分析预测结果显示差异环状RNA的靶基因与MAPK信号通路相关(Cacna1e、Mras、 Prkcb、Ptpn7),要知道最近的报道显示EGF介导的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信号通路活化与肠道干细胞增值相关。

 

图5. 差异表达环状RNA分子的功能预测


海绵机制预测ceRNA网络图。按照海绵机制的反式调控方式,该网络中包括42个上调和48个下调的环状RNA分子,以及预测相互结合的22个靶基因mRNA。

 

图6. ceRNA网络图


总结:
通过文章解析我们看到这是一篇典型的环状RNA分子做谱文章,文章中展示的结果同大部分做谱文章类似,从表达、差异、富集到靶基因预测,从头到尾一气呵成,但是这样一篇做谱的文章能发表在5.5分的杂志上面是有他的原因的。首先该研究是首次在辐射条件下研究肠道细胞中环状RNA分子的变化,处理方式和解决问题的角度较以往不同,其次生信分析全面并且准确,富集分析当中多个跟肠道细胞增殖、应激过程中的信号通路以及基因相关,说明环状在整个细胞生物学变化过程中起到了重要作用。这样一篇经济实惠且思路清晰的文章相信是环状RNA分子做谱的典范,如果老师您也希望短平快的发表这样一篇文章,欢迎咨询上海云序生物,我们会给您最好的科研服务。

全文信息:
Qianying Lu, Wei Gong, et al. Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After Radiation. Cell Physiol Biochem (2018), http://sci-hub.tw/10.1159/000491652
 
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