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单细胞分离策略的优缺点
点击次数:408 发布日期:2018-10-25  来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负
    据美国能源部微生物基因组学计划的主管Tanja Woyke介绍,研究人员使用几种方法分离单细胞,它们各有优缺点。

     Quake曾使用微流体方法来分离一种称为TM7的无法培养微生物1。TM7是杆状的,于是Quake及其团队专门捕获口腔微生物群落中的杆状细菌。随后他们通过核糖体RNA来追踪所要的细胞。在35个分离的杆状细菌中,4个都证明是TM7,他们对其中一个进行测序。

Woyke认为,微流体方法有两个主要优势。第一,用户能够观察他们正在分离的细胞,这让他们能够选择特定的形态或表型,并将此信息与基因型相关联。第二是扩增效率。单拷贝的细菌基因组显然不够用来测序,因此需要全基因组扩增。但并非所有片段都能同等扩增,一些可能会丢失。“一些研究表明,如果反应体积越小,那么单细胞基因组的回收就越好,覆盖也更加均一,”Woyke说。

     尽管如此,微流体策略通常是低通量的,且只有少数实验室能够接触到这种设备。一个商业化的选择是Fluidigm的C1™单细胞自动制备系统,这个微流体系统能够自动化分离和制备96个单细胞的测序文库。不过,它只适用于哺乳动物细胞,目前不支持细菌分离。

    另一种单细胞分离方法是显微操作,其中研究人员使用操纵杆驱动的玻璃毛细管来挑选单个细胞,并依次转移到目的容器中。

     Woyke表示,她偶尔会使用这种方法,主要是在处理低复杂度的样品时,在2010年发表的一篇文章中,她和她的同事对一种昆虫的细菌共生体进行测序,根据它独特的形态将其与另一种共生体分离2。“这就是主要优势,”Woyke说。“你可以看到细胞。”不过,显微操作的通量也非常低。若细胞能游动或有粘性,则很棘手。
来源:上海研生实业有限公司
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