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【小鼠大学问】基因工程小鼠命名规则
点击次数:1342 发布日期:2018-7-19  来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负

基因工程小鼠的命名规则

有没有发现,当你在查询或看paper时,往往会蹦出几个贼长的,还夹杂着数字、上标、符号的名称,比如:129-Trp53tm1Holl/J、FVB-Tg(PomcCre)5Brn...... 看上去很复杂的样子。这些其实是基因工程小鼠的全名。

如果把这一长串字符解构一下,常见的基因工程小鼠可以分为两种命名方式:

  • 基因定点修饰的小鼠命名,比如:敲除、敲入、点突变等等。

  • 随机转基因的小鼠命名

基因定点修饰小鼠的命名

这一类小鼠的名称基本长这样:

图1.png

下面我们对这些组成部分逐一说明~

品系背景

如果是在单一的小鼠背景上完成的基因修饰,并且在繁育过程中未引入其它品系,那么就可以以品系简写来表示。比如:

图2.png

如果是在混合品系背景上,那么可以用这几个品系(<3个)缩写,并以分号作为间隔。分号前表示受体,分号后表示供体。比如:在一个来自C57BL/6与129杂交 ES 细胞系上定点敲除某个基因,就可以用B6;129表示。直至这个品系与 C57BL/6 小鼠回交至近交系程度,那么可以改写为B6.129。

如果供体品系是混合背景或有未知来源,那么回交至受体品系的近交系程度后,可以用.Cg来表示,比如:B6.Cg。

如果存在3个以上祖系或有未知来源的混合遗传背景,那么以STOCK来表示。

 

被修饰的基因

这里的基因名用的是 Gene Symbol。

Gene Symbol 和 Gene Name 到底有什么区别呢?

Gene Symbol 有以下特点

  • 物种中唯一的
  • 短,3-5个字母,最多不超过10个字母
  • 只用罗马字母和阿拉伯数字
  • 大写字母开头,后跟小写字母或数字
  • 不包括组织特异性或分子量
  • 最好跟 Gene Name 的首字母一致
  • 斜体表示
  • 不同物种的同源基因使用相同的 Gene Symbol

Gene Name 则一般有以下特点

  • 简短,可以是几个单词,包含基因功能或特点
  • 首字母小写(人名或专有名词除外)
  • 使用美式拼写方法

举个例子你就明白啦,例如:

Shh 是 Gene Symbol,而 sonic hedgehog 则是它的 Gene Name。

所以,如果你想查找某个基因的敲除品系,那么最好输入 Gene Symbol,而不是 Gene Name 或者曾用名。

这里特别提一下定点过表达的这类情况:

目前最常用的两个定点过表达的整合位点,一个 Rosa26位点,一个是 H11位点。

  • Rosa26是一个基因,所以可以用它的 Gene Symbol,也就是 Gt(ROSA)26Sor

  • H11并不是某一个特定基因,而是存在于两个基因之间的一个特定染色体位置,所以没有 Gene Symbol。目前公认的命名是 Igs2,表示 intergenic site 2 的缩写。

 

修饰方式(上标)

  • tm
    对于 ES 细胞打靶途径获得品系,用 tm 表示 targeted mutation。
  • em 
    对于 CRISPR/Cas9 或 Talen 等核酸酶系统介导的基因修饰品系,用 em 表示 endonuclease-mediated mutation。

 

编号(上标)

这里的编号是指在该实验室中,对该基因修饰的序列号。

例如:Trp53tm1Holl表示在Holl实验室对Trp53基因进行的第一次突变。

有时候会看到 tm1.1、tm1.2的情况,这是指条件性基因敲除(CKO)小鼠在与生殖系重组酶工具鼠交配后获得的子代小鼠品系,为了与亲代 CKO 小鼠(编号为 tm1)区分。而亲代 CKO 小鼠与其它组织特异性重组酶工具鼠交配的子代就不单独命名了。

 

插入结构(上标)

对于基因敲除和条件性基因敲除,在命名中一般不加入插入结构的部分,即编号后紧跟实验室代号。

例如:Trp53tm1Holl

如果有敲入的基因,可以在括号内写出插入的外源基因。

例如:Cd19tm1(cre)Labcode 表示在 Cd19基因中敲入 Cre基因。

如果敲入的是 RNAi,那么把RNAi针对的靶点写进括号中。

例如: Genetm#(RNAi:Il23a)Labcode 。

 

实验室代号(上标)

一般实验室代号是机构名称的首字母缩写。

比如:

J 表示 The Jackson Laboratory;

Kyo 代表 Kyoto University ;

Smoc 代表上海南方模式生物;等等。

随机转基因小鼠的命名

这一类小鼠的名称基本长这样:

图3.png

命名中Tg代表 Transgene。

转入基因

在括号中填入转入的基因的启动子信息以及 Gene Symbol。

编号

指该实验室制备的转基因 founder 编号或系列编号。

如果使用转座子系统来制备转基因小鼠的话,那么命名时在 Tg 后面加上 Tn,表示 transposable element。随后的括号内,一般需要包括:所使用的转座子系统缩写,以及构建的载体结构,两者用“-”链接:TgTn(transposon_class_abbreviation-vector)#Labcode。

例如:B6.Cg-TgTn(sb-lacZ,GFP)IF2Jtak/JtakRbrc,其中 sb 是 sleeping beauty的缩写。

 

知道了基因工程小鼠的命名规则,你可能又要问了,名字这么长总不能每次都写全名吧?确实,通常在文章中对所用的基因工程小鼠进行表述时,我们可以采用简写的方式。具体可以怎么写呢?

基因工程小鼠的一般简写方式

1.基因敲除

大家很熟悉了,可以分别用加、减号上标来表示 wildtype allele 与 mutant allele:

KO 纯合子 Gene-/-

KO 杂合子 Gene+/-

野生型对照 Gene+/+ 或 WT (wildtype)

2.基因敲入

将敲入的元件写在上标里,例如:

Shh 基因 E177A 点突变杂合子:ShhE177A/+

如果 Shh 基因敲入报告基因或Cre重组酶基因,可以写成 ShhEGFP/+,或者也可以直接写成 Shh-EGFP、Shh-Cre。

3.转基因

一般直接写出表达的基因结构,例如:

Villin promoter 驱动 EGFP 报告基因的转基因小鼠就可以表示为 Vil-EGFP。

4.条件性基因敲除

将 flox 作为上标表示,比如:

CKO 纯合子 Geneflox/flox 或 Genef/f

CKO 杂合子 Geneflox/+ 或 Genef/+

如果与广泛表达 Cre 或生殖系表达 Cre 工具鼠交配后获得了全身敲除的小鼠,那么可以按 KO 小鼠的规则来简写。

如果与组织特异性 Cre 小鼠交配,那么可以组合写成:Geneflox/flox;Cre。

如果文章中只用到一种组织特异性 Cre 工具鼠,也可以按 KO 的方式简写,即 Gene-/- 可以表示 flox 纯合子且 Cre 阳性小鼠。

如果有多种不同的 Cre,那么就需要分别表示了。

例如:Tlr5 flox 小鼠分别与小肠上皮细胞(IEC)特异性 Cre(Vil-Cre)、 DC 细胞特异性 Cre(CD11c-Cre)交配的子代中发生基因敲除的纯合子小鼠可以分别表示为 Tlr5flox/flox;Vil-Cre 和 Tlr5flox/flox;CD11c-Cre。如果觉得这样写太麻烦,也可以这样表示:Tlr5ΔIEC 和 Tlr5ΔDC

来源:上海南方模式生物科技股份有限公司
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