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三维基因组(Hi-C)技术解析
点击次数:4956 发布日期:2018-3-9  来源:原创

Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。


 
图1. 染色体三维结构图

一、技术优势
1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装;
2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定;
3、周期短,性价比高。

二、技术流程
1、用甲醛对细胞进行固定,使DNA与蛋白,蛋白与蛋白之间进行交联;
2、进行酶切(如Hind III等限制性内切酶),使交联两侧产生粘性末端;
3、末端修复,引入生物素标记,连接;
4、解交联,使DNA和蛋白、蛋白和蛋白分开,提取DNA,打断,捕获带有生物素标记片段,进行建库;
5、测序。


 
图2. Hi-C实验流程

三、生物信息学分析流程
 

四、辅助基因组组装流程图
 

五、应用领域
1.染色体跨度的单倍型图谱构建
为疾病风险预测提供思路
为肿瘤形成机制提供依据
为农业动植物经济性状连锁标记及基因组进化奠定基础

2.探索基因组的3D结构
有助于了解基因组折叠对基因表达的影响
有助于了解基因组三维结构对细胞发育,分化及细胞命运的决定

3.开发调控基因的DNA元件
揭示基因组远程调控元件介导的分子网络
通过分析调控元件空间互作热点,开发潜在的药物作用靶点

4.Hi-C辅助基因组组装
辅助动植物基因组组装
宏基因组组装及菌群精确分类

六 、送样要求
1、细胞交联
2.5×106细胞量满足一个标准Hi-C文库,建议培养5×107至1×108,保证实验可重复性

2、组织DNA
提供组织DNA量为15-20ug

3、运输方式
足量干冰运输

来源:武汉金开瑞生物工程有限公司
联系电话:027-62431110
E-mail:3013422302@qq.com

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