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高分子量DNA的回收--“丢失艺术”的复兴
点击次数:4239 发布日期:2017-8-25  来源:本站 仅供参考,谢绝转载,否则责任自负
SageHLS系统是美国Sage公司2017年新发布的平台,它可以直接从细胞样品中快速纯化高分子量DNA。Sage公司的首席科学官Chris Boles,一直在帮助研发团队开发SageHLS平台(HLS是高分子量DNA文库制备系统的缩写)。那么,高分子量DNA对于生命科学和生物医学研究有哪些作用?SageHLS系统如何工作?接下来还会有哪些新的开发应用?我们来听听Chris对产品的介绍。


1. 问:为何高分子量DNA片段很重要?
答:使用极长的DNA片段已经成为生命科学界一项丢失的艺术。 回溯到早起的人类基因组计划,因为每个实验室都要使用重组染色体、质粒,Southern印迹等技术,所以都必须考虑使用极长的DNA片段。但随着90年代初兴起的PCR技术,以及短读长NGS技术的问世,科学家们已经不再需要高分子量DNA就可以实现科研目的。现在,研究人员正在解决基因组高度重复区域,大片段结构变异以及大片段构象问题,因而高质量,高分子量的DNA再次变得十分重要。

2. 问:SageHLS平台可以与哪些长片段基因组技术联合使用?
答:所有需要数百Kb到数Mb DNA样品的系统,诸如PacBio或Oxford Nanopore的长读长测序系统,Bionano Genomics或Genomic Vision的基因组光学图谱系统,以及10x Genomics或Dovetail Genomics的大范围连锁分析技术。所有这些系统的样品DNA质量和片段大小,都可以通过SageHLS平台得到改善。
3. 问:样品在SageHLS上样前需要怎样的预处理?
答:一般来说,预处理很简单。 我们最初关注的样品类型具备两个条件,1)对生物医学研究很重要,2)能在SageHLS系统中工作良好。 这些样品包括全血的白细胞,组织培养细胞或细菌培养物。对于这些样品类型,仅仅需要简单的离心步骤来洗涤细胞,并将其重悬于上样缓冲液中即可。仪器配套的试剂会进行裂解和纯化工作,整个过程不会混合或打碎高分子量DNA。
4. 问:新系统如何工作?
答:首先用户将他们的样品移入凝胶中,随后平台会自动进行细胞裂解和污染物去除,这一处理过程非常快,Mb级大小的DNA会被留在琼脂糖中。接下来,系统用非特异性核酸酶轻微切割DNA,并通过自动洗脱过程从凝胶中回收目的DNA片段。
5. 问:你们从SageHLS平台得到了什么样的结果?
答:常规条件下,在哺乳动物白细胞和组织培养细胞中,我们实现了200Kb-2Mb大小的DNA片段纯化回收。 我们从含有约10ug DNA(约150万个人细胞)的上样细胞中,回收了1-3ug的高分子量DNA,这足以满足大上样量的基因组应用如基因组光学图谱分析。
6. 问:您已经在开发SageHLS平台的新用途,能给透露一些信息吗?
答:我们接下来开发的是称为HLS-CATCH (基于HLS平台的辅助靶向染色体片段克隆)的技术,即在HLS上使用CRISPR / Cas9基因编辑技术以靶向方式切除和分离感兴趣的基因组片段。我们还在研究几种直接在HLS预置胶盒中制备NGS文库的方法,以便我们将DNA提取与NGS文库构建整合在一起。从客户那里学习他们想要用该系统做什么会是一件非常有趣的事情。

摘自Wenjun Jiang et al.,2015,Nature communication
 
基于HLS平台从大肠杆菌E.Coli原生质体中提取的198kb DNA片段(使用CRISPR/cas9核酸酶处理)
 
要了解有关该产品的更多信息,可以访问http://www.sagescience.com/products/sagehls/。
环亚生物科技有限公司是美国Sage公司中国区总代理商,一直关注测序相关设备在国内的引进和开发,致力于协助国内客户更好、更快完成测序样本的制备工作,实现更高效率、更轻松的工作流程。公司网站:www.apgbio.com
来源:环亚生物科技有限公司
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